如何看blast的结果

Blast后的结果怎么看？
1.blast之后，看你的目标基因有没有对比。一般出现在前一两个。注意是否有突变。
【如何看blast的结果】2.用blastx软件对比你的序列，看看有没有你的目的蛋白，编码的蛋白有没有突变。
blast结果如何分析
在Blast比较结果中，得分越高，同源性越好。期望值越小，比较结果越好，说明某些原因造成的误差越小；同一性就是同源性(相似性) 。例中比对的1588个碱基只有3个错配，其他99%相同，同源性相当好，几乎相同；缺口是指或多或少的碱基或缺失碱基的数量；Strand=plus/plus/plus表示两个序列方向相同。如果是正/负，说明一个是5 “到3 “，一个是3 “到5 “，或者一个是正向，一个是反向。一些具体指标的定义或计算方法可以参考相关的生物信息学教材。||||由于Blast采用了另一种统计方法，其典型的输出结果不需要圆柱圆圈，但仍然包括相似序列的列表和平行分析的结果。相似序列列表中的Highscore是这个相似序列中最相似区域的得分，与FastA有很大不同。在FastA中，插入间隙来连接几个相似的区域(对角线)，因此最相似的区域中的“一个”将被列在最后。Blast不会试图连接相似的片段，换句话说，它不允许有间隙，所以它会计算每个相似区域的得分，并列出这个序列中得分最高的片段的得分。HSP(High-scoringSegmentPair)只代表部分评分高的片段。当它们单独存在时，可能无法通过统计检验，但当几个HSP连在一起时，就会通过检验。列表中的“Smallestsumprobability”表示将几个HSP连接在一起后的统计数据。其中N代表参与HSPs的数量，P(N)代表在给定搜索条件下找到与高分相同或更高分的片段的概率。每种蛋白质的长度不同，即使得分相同，其概率也不同。在相似序列的排序中，不是按分数排序，而是按概率排序，所以一些分数较高的序列反而排在后面。对于蛋白质的比较，如果概率小于0.02，则认为它们是同源的。因为程序默认保留250个序列，如果认为有意义的序列超过这个数，程序将自动警告您。如果认为有意义的序列总数超过1000，可能是序列中存在一些重复序列，必须过滤掉，以免干扰搜索结果。||||被认为是同源的。因为程序默认保留250个序列，如果认为有意义的序列超过这个数，程序将自动警告您。如果认为有意义的序列总数超过1000，可能是序列中存在一些重复序列，必须过滤掉，以免干扰搜索结果。|||得分值越高，同源性越好；期望值越小，比较结果越好，说明某些原因造成的误差越小；同一性就是同源性(相似性) 。例中比对的1588个碱基只有3个错配，其他99%相同，同源性相当好，几乎相同；缺口是指或多或少的碱基或缺失碱基的数量；Strand=plus/plus/plus表示两个序列方向相同。如果是正/负，说明一个是5 “到3 “，一个是3 “到5 “，或者一个是正向，一个是反向。||||由于Blast采用了另一种统计方法，其典型的输出结果不需要圆柱圆圈，但仍然包括相似序列的列表和平行分析的结果。
blast 结果如何看？
我完全基于查询覆盖率。其实最上面的几个要么是你Blast的核苷酸序列，要么是这个序列的全长，要么是染色体上的DNA序列。你可以通过看前几个位置的描述来确定你的细菌属于哪一种。

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本地blast序列比对结果怎么看
打开BLAST页面，http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/会打开如图：对上面的页面做一个必要的介绍：BLAST的这个页面的主体部分(左边)包括三个部分：BLAST组装基因组、基础BLAST、专门BLAST 。我相信你能理解这三个短语的意思，我就不多说了。我想说的是，可以认为是序列比对的三种方法，或者说是爆破的三种方式。BLAST组装基因组的第一部分是让你选择想要比较的物种，然后点击对应的物种进入比较页面。第二部分，基础爆破，包含五个常用爆破，每个都有简单介绍。第三部分专门blast是一些特殊用途的BLAST，比如IG BLAST，SNP等。这时候你就需要在专门的疾风板块做出适当的选择。总之，这是一个导航页面，目的是让你根据自己的对比目的，选择相应的爆破路线。先说BLAST与最基本的核酸序列比对的使用，期间我还会影射其他的序列比对方法。2.单击基本blast部分中的核苷酸BLAST链接到新页面。打开后，如图：介绍上图页面：输入查询序列部分让我们输入序列。可以直接粘贴序列，上传序列，选择想要比较的序列的范围(留空表示比较想要输入的整个序列) 。职称部分也可以给这个工作起一个名字。选择搜索集部分允许我们选择物种或序列类型(基因组DNA，mRNA等。)与目标序列进行比较。如果是人或者老鼠，如果是另一个物种可以直接选择“其他” 。这时网页会主动弹出下拉对话框和输入对话框。你可以选择分别介绍上面的页面：输入查询序列部分让我们输入序列。可以直接粘贴序列，上传序列，也可以选择想要比较的序列的范围(留空表示比较想要输入的整个序列) 。职称部分也可以给这个工作起一个名字。选择搜索集部分允许我们选择物种或序列类型(genomeDNA，mRNA等。)与目标序列进行比较。如果是人或者老鼠，如果是其他物种可以直接选择“其他” 。这时网页会主动弹出一个下拉对话框和一个输入对话框，你可以选择输入要和你的序列进行比对的序列类型和物种。可以比较下面的Entrez查询来适当地限制结果。程序选择部分实际上让我们选择这种比较的准确性，种内和种间，等等。BLAST按钮下面有一个“算法参数”，是一个参数设置选项。一般用户不能使用这个选项，所以是隐藏的。点击它，可以在原网页底部添加算法参数的内容。这里大部分战友不需要改选项，我就不多说了。有兴趣的朋友可以自己研究一下。3.依次填写以上网页的所需部分，点击BLAST按钮后会出现如下界面(只会截取一部分):这个结果页面的信息量非常大，如果仔细观察还是可以发现一些主要指标的。上面这张图也列出来给你看这些评价标准。在描述部分，推荐大家详细看看。此外，指标“E值”不同于其他指标。其值越小，相似度越高。其他指标(如总分)都有较高的相似性。在这个图表的底部是特定的相似核酸序列，以及各种参数的分数。
如何看懂NCBI BLAST输出结果
掌握以下概念后，你就可以理解NCBI爆炸的输出结果了。Alignments代表比对中的两个序列。hits代表两个序列比对中的片段分数。如果序列匹配，得分不同，得分减少。分数越高，两个序列的相似度越高，e值越小，可信度越高。它是一个相对的统计值。输入序列的长度恒等式是一致的，即两个序列有多少是相同的。Query表示输入序列Sbjct表示数据库中的序列。

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blast结果如何分析
在Blast比较结果中，得分越高，同源性越好。期望值越小，比较结果越好，说明某些原因造成的误差越小；同一性就是同源性(相似性) 。例中比对的1588个碱基只有3个错配，其他99%相同，同源性相当好，几乎相同；缺口是指或多或少的碱基或缺失碱基的数量；Strand=plus/plus/plus表示两个序列方向相同。如果是正/负，说明一个是5 “到3 “，一个是3 “到5 “，或者一个是正向，一个是反向。一些具体指标的定义或计算方法可以参考相关的生物信息学教材。||||由于Blast采用了另一种统计方法，其典型的输出结果不需要圆柱圆圈，但仍然包括相似序列的列表和平行分析的结果。相似序列列表中的Highscore是这个相似序列中最相似区域的得分，与FastA有很大不同。在FastA中，插入间隙来连接几个相似的区域(对角线)，因此最相似的区域中的“一个”将被列在最后。Blast不会试图连接相似的片段，换句话说，它不允许有间隙，所以它会计算每个相似区域的得分，并列出这个序列中得分最高的片段的得分。HSP(High-scoringSegmentPair)只代表部分评分高的片段。当它们单独存在时，可能无法通过统计检验，但当几个HSP连在一起时，就会通过检验。列表中的“Smallestsumprobability”表示将几个HSP连接在一起后的统计数据。其中N代表参与HSPs的数量，P(N)代表在给定搜索条件下找到与高分相同或更高分的片段的概率。每种蛋白质的长度不同，即使得分相同，其概率也不同。在相似序列的排序中，不是按分数排序，而是按概率排序，所以一些分数较高的序列反而排在后面。对于蛋白质的比较，如果概率小于0.02，则认为它们是同源的。因为程序默认保留250个序列，如果认为有意义的序列超过这个数，程序将自动警告您。如果认为有意义的序列总数超过1000，可能是序列中存在一些重复序列，必须过滤掉，以免干扰搜索结果。||||被认为是同源的。因为程序默认保留250个序列，如果认为有意义的序列超过这个数，程序将自动警告您。如果认为有意义的序列总数超过1000，可能是序列中存在一些重复序列，必须过滤掉，以免干扰搜索结果。|||得分值越高，同源性越好；期望值越小，比较结果越好，说明某些原因造成的误差越小；同一性就是同源性(相似性) 。例中比对的1588个碱基只有3个错配，其他99%相同，同源性相当好，几乎相同；缺口是指或多或少的碱基或缺失碱基的数量；Strand=plus/plus/plus表示两个序列方向相同。如果是正/负，说明一个是5 “到3 “，一个是3 “到5 “，或者一个是正向，一个是反向。||||由于Blast采用了另一种统计方法，其典型的输出结果不需要圆柱圆圈，但仍然包括相似序列的列表和平行分析的结果。