文献笔记六十六(可视化展示blast结果的网页工具Kablammo)
论文题目
Kablammo: an interactive, web-based BLAST results visualizer
期刊及发表单位
Bioinformatics
2014
University of Calgary, Canada
工具对应的链接
http://kablammo.wasmuthlab.org/
基本的功能是上传blast的结果,需要是xml格式,以图片的形式展示,比如网站首页给出的示例
文章图片
image.png 还可以下载svg格式的图片。
而且提供源代码
https://github.com/jwintersinger/kablammo
应该可以整合到自己的网页上,抽时间看看怎么实现
下面用自己的数据试一下这个工具
首先是构建blast的数据库
参考
https://github.com/enormandeau/ncbi_blast_tutorial
makeblastdb -in Contigs_1_Test.fasta -dbtype nucl -out databases/reference
blast比对输出xml格式文件
blastn -db databases/reference -query ../sweet_cherry_cp.fasta -outfmt 5 -out out.xml
网页链接直接加载out.xml就可以看到结果
有时间试试能不能把这个整合到django里
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