灰盖鬼伞早期子实体发育过程中发现microRNA-like的RNA
上期给大家分享了一个国家重大科研计划，
2019年度重大研究计划项目指南公布！
主要是为了揭示由非编码RNA介导的遗传信息传递方式和调控网络，
从不同于蛋白质编码基因的角度注释和阐明基因组的结构与功能，
以期深入阐明生命活动的本质和规律。
micRNA、ceRNA等RNA相关的研究是这几年的研究热点，
但从这几年的国基立项数就可以看出，
同时，也可以看出，相关的研究已经过了最热的时间了，
但是，这主要是在人、植物等相关研究，
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那么在食用菌研究中是否有相关的研究呢？
答案是肯定的，但是相关的报道还很少，
今天就给大家分享一下这篇文章：
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主要是在灰盖鬼伞子实体早期发育过程中发现了一些micRNA-like的RNA。
研究结果如下：
1、对mycelium (MYC) (4–5 days in the dark) 和primodium (PRI) (~ 6–7 mm tall, 3 days in the light) 两组样品进行了测序，发现了一些小RNA(small RNA, sRNA)。这些sRNA的特征及统计结果见下面的图表。
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2、预测其中潜在的milRNA：共预测到22个潜在的milRNA，其中有两个cci-milR-1 和cci-milR-2只存在于菌丝（MYC）中。这些milRNA的特征如下：
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3、milRNA表达模式的验证和表征：作者用Northern blot and RT-qPCR两种方法对milRNA进行了验证。使用northern印迹验证到了cci-milR-12c和cci-milR-13e-5p，见下图。
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两种经验证的milRNA的发夹前体如图4所示：
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Dicer和AGO是已知参与动物和植物中miRNA生物发生的效应蛋白，QDE-2蛋白是一种AGO，文献报道其参与了粗糙脉孢菌的pre-miRNA切割，其同源物也在多种真菌物种中发现。通过同源比对，在灰盖鬼伞基因组中找到了3个DCL蛋白，见图5。还找到了一个AGO (CC1G_00373), 一个AGO-like(CC1G_09846)和一个QDE-2 (CC1G_04788)蛋白。对这几个蛋白的结构域进行了分析。
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RT-qPCR 实验检测了编码这些蛋白的基因的表达情况，发现DCL-2 和 DCL-3在PRI样品中高表达，但是DCL-1 发生了下调。AGO和QDE-2也发生了下调。同时，cci-milR-12c, DCL-2，DCL-3, AGO-like 也是PRI中表达更高。
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4、DCL和AGO同系物的系统发育分析：DCL和AGO蛋白的系统发育分析表明，这两种蛋白在真核生物早期进化中重复，并在动物，植物和真菌中独立进化。
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5、DCL敲减菌株中milRNA的表达水平：首先是构建了DCL的敲减菌株，然后对几个milRNA进行了检测。
6、对milRNA的靶标进行了预测及功能注释。用了几种不同的方法进行预测，然后利用韦恩图找共有的。
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功能注释和讨论部分我就不细说了。
最后直说一句话：RNA相关的研究在真菌、食用菌中的研究目前还算新，
大家可以尝试做一做。
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【灰盖鬼伞早期子实体发育过程中发现microRNA-like的RNA】
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