miRdeep miRdeep - 锐客网

1. 构建参考基因组的序列的index

bowtie-build reference.fasta reference

2. 将测序序列比对到参考基因组 【miRdeep】这里的输入序列可以是seq.txt，qseq.txt，fasta，fastq格式，输入为解压格式。

perl mapper.pl \ input.fastq \#输入为fastq文件 -e \#指定输入为fastq格式 -h \#解析出fasta格式 -j \#删除非核酸字母（a,c,g,t,u,n,A,C,G,T,U,N） -k TCGTATGCCGTCTTCTGCTTGT \#3'端的接头序列 -l 18 \ #保留最小的长度 -m \#collapses the reads -p reference \ #bowtie index的参考序列 -s out_collapsed.fa \ #输出文件名 -t out.arf \ #输出比对文件 -u \#保留中间文件 -n \#覆盖已经生成的结果 -o 16#运行的线程数

3. 鉴定已知和未知的miRNA

perl miRDeep2.pl \ out_collapsed.fa \#是经过mapper.pl处理的reads。 reference.fasta \#参考序列 out.arf \#mapping的结果 ref_mature_miRNA \#研究物种的成熟miRNA文件，miRBase有下载 none \#其他物种相关的成熟miRNA文件，miRBase有下载 ref_hairpin_miRNA \ #研究物种miRNA前体的文件，miRBase有下载 -t hsa #物种