snp数据构建NJtree（phylip软件）
参考链接
SNP数据构建系统进化树 - https://www.jianshu.com/p/57599b6a71e8
https://zhuanlan.zhihu.com/p/85978856
https://www.cnblogs.com/liujiaxin2018/p/13022301.html
一 安装phylip
conda install-c bioconda phylip二 下载vcf2phylip.py数据转换脚本
wget https://github.com/edgardomortiz/vcf2phylip/archive/v2.0.zip转换数据，坑！样本名一定要少于10个字符
unzip v2.0.zip
cd vcf2phylip-2.0/
python /home/yangling/biosoft/vcf2phylip-master/vcf2phylip.py-i infile.vcf
三 使用phylip phylip是一个交互式软件，如下图红色标注所示，一步一步往下走。
每一步输出的文件（outfille）都是下一步的输入文件，注意自己修改文件名，防止覆盖
图中all.LDfilter.min4.phy即vcf转换得到的phy文件。
文章图片
图1phylip第一步seqboot 【snp数据构建NJtree（phylip软件）】
文章图片
图2 源自 https://www.jianshu.com/p/57599b6a71e8 在我这里把cat seqtool.par 换位phylip seqtool即可，后面也是，可能因为我是用conda安装的软件吧。
改天补用R建树，我有代码的，别忘了
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