质谱文件转换与读取mzxml
之前的数据处理都是转化之后得到的.xy 格式文件。他是一种类似于txt 格式的文件，可以直接在matlab里读取。然后我们再根据需求用统计的方法进行处理和分析。
目前我们用Bruker机器得到的文件格式是.d,。为了方便以后的分析，我们想把所有的原始文件统一转换成mzxml格式 。
至于为什么要转换成这个格式，以及这个描述性语言的介绍已经在这篇文章上讲的很清楚了https://zhuanlan.zhihu.com/p/40783833。
所以在这里主要是介绍两个方面问题
- 原始文件是如何转换成mzxml格式
如果用的是bruker机器来做质谱，可以用bruker提供的名为 Compass Data Analysis 这款软件来做质谱的分析, 这款软件可以输出不同格式的文件例如ascii mzxml mzData 等等。所以，可以直接用菜单中的export功能导出。另一个软件也是bruker的，叫compassXport。
compass data analysis有用户界面非常便于操作和分析， compassXport 则是需要在terminal中执行任务。 另外 还有一个比较通用的软件叫msconvert。两种使用方式，一种是下载他的installer安装软件，安装后得到用户界面。另一种是下载压缩文件并解压最后在terminal里操作。
- 【质谱文件转换与读取mzxml】mzxml文件的读取
matlab 的bininformatics工具箱提供了可以读取以及处理质谱文件的方法，其中就包括了mzxml文件的读取。 一个简单的函mzxmlread 便可以将文件读到matlab，并且非常漂亮的结构可以轻易寻找到有用的信息 。
文章图片
mzxml_read.JPG
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