1 删除已经加载到窗口的分子
第一种：在“ VMD main”中选定该分子，然后在“VMD Main”中，Molecule——Delete Molecule
第二种：在“VMD Main”中，Extentions——Tk Console,然后在“VMD TkConsole"中，输入 mol delete all,然后按回车，就删掉啦。
2 显示原子名称，键长，键角，二面角。
一开始在VMD中打开一个分字，将鼠标放到openGL Display中，鼠标还是一个箭头。
如何在open GL中pick一个原子：在VMD Main中，选择pick，此时在open GL中，鼠标会变成一个十字，这时可以通过单击选择原子，点一下，在命令行中就会显示：Info) User Pick: mol0 atom: 1249。（注意：pick时，Mouse必须在Rotate Mode下。
在openGL中标记原子，键长以及键角二面角等：在VMD Main中，Mouse——Lable然后选就可以了。（长度单位是A，角度是度）
3 同时加载两个分子时，如何用不同的颜色显示显示了俩份子？尤其当两个分子形状相似，有较大重叠的时候。
（1）将两个分子同时加载到VMD中。
（2）在VMD Main中，Graphics-----representations中,通过调整selected molecules,将两个分子的coloring methods，都修改为Molecule。
（3）在VMD Main中，Grapics---Colors---categories中，改为Molecule，然后分别在Names中选择不同的分子，将它们的颜色改了。
4 如何创建不同的Rep，并用不同的形式表示出来。
（1）点击Creat Rep，会创建出一个和现有的一模一样的的。
（2）接下来，让阴影放在新建的Rep上，在Selected Atoms这块删掉all，输入新的。例如，可以输入resname HEM;
resname SO4 CO;
或者输入resid 93 64 等等，输完以后记得按enter，不然不生效。
（3）分别修改各自的Drawing Methods, 例如resname HEM 可以用Licorice,resname SO4 CO可以用VDW,resid 93 64可以用CPK。
5 显示蛋白的结构，并按照二级结构显色。
（1）加载进去蛋白之后，在Graphical Representations中，将Selected atom改为backbone,按enter，这时候除了蛋白骨架外的所有蛋白都会消失。
（2）在绘图方法中选择NewCartoon，然后在着色方法中（coloring methods)选择二级结构，按照二级结构对骨架进行显色。
6 如何保存高清图片？（渲染图像）
（1）File---Render...,打开File Render Controls，然后将Render the current scene using:选为Tachyon，下边的两个文本框都是默认值。
（2）点击Start Rendering，此时在工作目录中会多出一个vmdscene.dat.tga的文件。
7 关于Graphics里边的Representations里的Selected atoms，可以这样描述：
（1）某个残基周围10A内的原子：先创建一个Rep，然后输入 within 10 of resid 94
这样子选出了距离这个残基周围10A范围内的原子。
（2）x>5选出了所有X坐标大于5的原子
（3）mass>12 and mass<14选出了所有质量大于12而且小于14的原子。
8 计算两个分子的rmsd
先将两个分子加载到VMD中,例如两个分子的ID分别为0和1
然后打开TKConsole,输入:
set sel1 [atomselect 0 "backbone"]
【软件|VMD使用】set sel2 [atomselect 1 "backbone"]
measure rmsd $sel1 $sel2
计算0和1两个分子骨架的rmsd
