入塞匈奴虽然与汉族保持了数百年的大杂居，但其内部却依然保留了小聚居格局，再加上汉族在人口数量上的绝对优势和自古以来的汉夷有别思想，刘渊虽然以五部匈奴起兵，还打出汉家旗号，但并未获得族源认同，刘渊死后，侄子刘曜建立前赵，不得不重新改祭匈奴单于 。
匈奴在公元5世纪左右消失于历史舞台，而并未像之前所认为的那样在现代汉族基因中有遗传体现，大体有两个原因：一是十六国时期，大量胡人死于战乱(如冉闵的杀胡令)，导致仅有极少数匈奴后裔延续下来，被汉族庞大的人口基数稀释，因此在遗传基因中无法显见;
二是匈奴内部依然是小聚居小通婚状态，犹如滴入太平洋的一滴墨水，随着时间推移，除少部分与其他族群通婚并加入对方族群的外，匈奴主体随着人口的消减自然消亡了 。
当然还有一种可能，就是匈奴人和汉族人在夏商之前便是同宗同源，所以才会在融合后，基因没有发生改变 。
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