Phantom把Christine带走后，剧院里着实忙乱了起来 。Firmin和Andre看着演出门票飞快地售出，心里又高兴又着急，高兴的是自己的业务不错，着急的是Carlotta使性子不肯来，Christine虽然出人意料地成功，但是又突然失踪 。正在忙乱时，他们各自收到了写在信纸上署名 O.G.的命令，要求赶快补发积欠他的工资，并且将Christine取代Carlotta成为剧院的首席女高音 。他们正在猜测这会是哪个疯子的行为时，Raoul拿着他收到的一张字条也来质问他们Christine到底在哪儿，原来字条上威胁说如果谁想把Christine占为己有，就再也不要想看到她了 。三人正琢磨着呢，Carlotta突然出现在剧院，出示了又一张写着威胁她不许阻拦Christine的锦绣前程的字条，并且不听解释指责Raoul 在背后操纵一切，就是为了捧红Christine 。正在乱的不可开交的时候，Giry夫人带着Meg前来告诉大家Christine已经回来，只是因为很疲惫所以谁也不能见，并且带来了一张字条，上面大意是：今晚演出的歌剧Il Muto必须由Christine来演主角伯爵夫人，Carlotta只能演一个不出声的传令仆从，而且剧院的5号包厢必须给Phantom空出，好让他象以往那样前来观赏 。如果这些命令没有被遵守，一场无法预料的灾难将会降临到歌剧院的头上 。
Carlotta自然无法接受这种安排，她歇斯底里地咒骂着，吓坏了两位经理，于是Firmin和Andre连忙用一曲Prima Donna来安慰Carlotta，总算让Carlotta安静了下来 。而且Firmin不顾Giry夫人的劝阻，公开宣布Christine出演传令仆从，Carlotta出演主角伯爵夫人 。神通广大的Phantom果然听到了，并且发誓要让他们知道自己的厉害 。
当晚，演出开始了，为了帮助Firmin他们阻挠Phantom的计划，Raoul坐入5号包厢 。Phantom被他们的轻蔑激怒了，先是将舞台上傲慢的Carlotta的嗓音变成了蛤蟆叫，导致演出的中断，后来又在芭蕾表演的时候把已经被旁遮普套索绞死的Buquet的尸体从舞台天幕上吊下来，引起了观众们的慌乱 。Christine和Raoul趁着大家的惊慌，逃到了屋顶上 。在那里，Christine向Raoul诉说了自己的遭遇，Raoul一面安慰她说这一切都是梦境，一面向Christine表示了埋藏已久的爱意，两人合唱了一曲All I Ask of You互表心意 。然而这一切还是没有逃出躲藏在暗处的Phantom的监视 。在Raoul和Christine相拥离开屋顶后，Phantom痛苦于 Raoul对Christine的迷惑以及Christine的背叛，决定诅咒他们 。在Il Muto演出结束演员谢幕时，剧院的大吊灯坠下砸在Christine跟前，毫无疑问，这就是Phantom的愤怒所示！
(第一幕完)
第二幕
幕间曲过后，舞台上出现的是戴着面具的Firmin和Andre，时间已经是继吊灯坠下后大概6个月了 。已经是新的一年 。期间，Phantom没有再来打扰任何人，新的吊灯也安装好了，于是人们在剧院里举办了一次化妆舞会(Masquerade)来庆祝这新的生活 。已经秘密订婚的Christine和 Raoul也在人群中携手共舞 。虽然Raoul很希望公开这个秘密，但是Christine依然害怕Phantom会知道后威胁他们的生活，要求 Raoul继续保密，并把Raoul给的订婚戒指串在项链上，而不是戴在手上 。Raoul虽然不是心甘情愿，但也无可奈何 。
正在欢乐进行到 *** 的时候，突然出现一个戴着红色死神面具的客人，大家都被这奇异吓人的装束震住了 。来者正是销声匿迹许久的Phantom 。他带来了刚刚写就的一出歌剧《唐璜的胜利》（Don Juan Triumphant）要求剧院上演 。并且，在再度消失前，他从Christine脖子上夺走那枚戒指，告诉她他还没有放弃她 。
舞会不欢而散，Raoul见Giry夫人心事重重，就上前询问她是否知道Phantom的底细 。Giry夫人在Raoul的苦苦劝说下，这才道出 Phantom的来历 。原来几年前，巴黎来过一个江湖马戏团，除了表演杂耍，他们还展出一些畸形人供大家娱乐，其中有一个被关在笼子里的怪脸人，却是一个知识渊博的建筑师，音乐家 。后来，这个怪脸人逃出了笼子，大家遍寻不着，都以为他已经死在某个角落 。而Giry夫人则清楚意识到，之后出现在歌剧院的 Phantom，就是这个怪人 。Raoul听到这一切，心中飘过一丝寒衣，还想继续追问，但是Giry夫人已经不敢再说下去，他也只得作罢 。
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