独自一人时他常常流连于父亲的图书馆，热衷于观察周围的动植物，有时也去河边垂钓 。8岁生日后不久，苏珊娜送他去凯斯所办的学校上学，学校里的许多同学都比他大 。
他常常编故事，比如说自己能够改变花朵的颜色 。7月，苏珊娜的肿瘤发展到无法收拾的地步，查尔斯却不被获准去看她，直到7月15日她离开人世 。
【生物进化论的主要内容 生物进化论创始人是谁】苏珊娜死后查尔斯的几个姐妹接管了家中事务，而罗伯特出诊归来后更是对庄园实行严厉的统治 。1818年9月，查尔斯和哥哥伊拉斯谟进入了什鲁斯伯里学校，那里的校长塞缪尔·巴特勒在当地名望颇高 。
古典文化是学校的主要教学内容，查尔斯厌恶拉丁语和古希腊语，但还是能够应付那些死记硬背的学习，对乔叟、莎士比亚和弥尔顿的作品也很是欣赏 。
快毕业时，查尔斯受哥哥影响迷上了化学，阅读了威廉·亨利的《化学问答》等化学书籍 。他们在自家花园里做化学实验，同学们还给达尔文取了个“瓦斯”的绰号 。
15岁的达尔文爱上了狩猎，常常参与韦奇伍德家的射击活动 。罗伯特终于无法忍受，于1825年让达尔文提前离开学校 。他为儿子安排了未来——让他成为一名医生 。
大学生涯
1825年夏天开始，达尔文跟着父亲做了学徒，记录一些患者的状况 。哥哥伊拉斯谟已于3年前进了剑桥大学基督学院，查尔斯听说他被安排了一些尸体解剖的工作，觉得无法适应 。
罗伯特安排他去爱丁堡大学，当时爱丁堡的医学院无论设施、师资均是英国最强，超过牛津大学和剑桥大学，而且不排斥非国教信徒 。伊拉斯谟从剑桥归来后，准备赴爱丁堡校外医院学习，兄弟二人便于当年10月末一起抵达爱丁堡，租用了一套有两个卧室、一间起居室的房子 。
达尔文在这里参加了大量社交活动，认识了不少辉格党上层人物，包括教育家伦纳德·霍纳、作家沃尔特·司各特、博物学家约翰·詹姆斯·奥杜邦等人 。
入学以后，达尔文报了医学、解剖学、化学、临床课和外科学等课程，但并不喜欢大学课程 。讲授医学的邓肯、讲授人体解剖学的亚历山大·门罗三世尤其令他反感，霍普的化学课是他唯一有兴趣的内容 。
第一个暑假里，他与朋友一起徒步游览了威尔士山区，开始在日记里记录下对当地鸟类的观察 。大二的时候他报了产科学、物理实验和自然史 。
当时的自然史教授是罗伯特·詹姆森，他在地质学方面坚持水成论，达尔文当时曾下决心“不再读一本地质方面的书” 。1826年11月21日，达尔文申请加入普林尼学会，该会会长之一威廉·布朗是其介绍人，第二个星期与威廉·格里格一起正式入会 。
布朗和格里格等人不但抱激进的科学主义和反教权主义观点，还认为低等动物与人类的大脑官能并无本质区别 。12月5日，达尔文进入了学会的理事会 。
他经常光顾博物馆，认识了两位在那里工作的博物学家罗伯特·埃德蒙·格兰特和维利亚姆·马克-吉利弗雷 。吉利弗雷则坚定的支持达尔文对鸟类的兴趣，这时期达尔文还向一位黑人学习过鸟类标本的 ***。
格兰特在大众湾捕获海绵、藻苔虫、海笔和水手珊瑚，在爱丁堡的期刊上发表了不少研究它们的论文，并告诉达尔文如何搜寻它们 。1827年3月和4月，达尔文的笔记中写满了关于这些海洋无脊椎动物的观察，其首篇观察记录于维尔纳自然史学会发表 。
3月27日，他在普林尼学会的会议上发表了演说，宣布自己发现藻苔虫的幼虫能够游动，牡蛎壳上的黑色物体是水蛭的卵 。接下来布朗发表了激进的论文，声称心智和意识只是大脑活动的副产品，引起了很大争议 。格兰特经常向达尔文表达对拉马克的推崇，认为动物在结构都互相联系，动植物的起源应能追溯到藻类和水螅 。
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