陨石说
文献中记载”有声如吼”，”但见飙光一道，内有大光”，”忽大震一声，裂逾急霆”，”深坑数丈”，”烟云直上”，”巨石空中飞注如雨”，”烟尘障空，白昼晦冥”，”西安门一带皆霏落铁渣，如麸如米”的情形，与陨石冲向地球时，和大气层摩擦形成的火花、火球，及撞击地面造成的震动与响声等现象相当吻合 。此外陨石也有使房屋”猝然倾倒”，”大树尽拔出土”，以及”大木飞至密云”，灾区数里”尽为齑粉”的可能 。且后来经卫星光谱扫描图像的处理手段，可发现莲花池、马连道一带有环形暗斑，宣武门西南侧也有6至7个不等的异常半圆，亦可能是陨石冲击的遗痕 。但此假说也难以造成灾变前后种种与地震符合的征兆，以及损害不平均和脱去衣物的疑点 。
火药焚爆说
由于王恭厂火药库正是灾变中心，故灾后就曾有人说：”王恭厂不戒自焚，致都城之扰” 。再加上王恭厂爆炸造成”天崩地塌，昏黑如夜，万室平沉”和巨大的伤亡现象，及王恭厂制造火药的特殊性，让很多人相信此事件是王恭厂黑火药引爆所致 。据史料记载：”每五日，三大营共领火药三千余斤” 。若这么多火药一旦发生焚爆，可能在瞬息间形成高温高压的气流，并迅速向周围扩散，可下冲使地面成坑，向四周可使建物倾倒，上可携物飞空，甚至”大震一声，裂逾急霆” 。
【世界三大自然之谜：京师大爆炸、通古斯大爆炸、印度死丘之谜】至于为何火药会爆炸，经后人推断可能是人为因素，即由生产、搬运不慎而摩擦引爆，甚至可能为后金派遣间谍破坏；另外则可能是由于火药在没有空气的情况下能分解而产生自爆；另有学者认为灾难发生的5月正值干季，空气湿度小，火药制造时易生静电打火或摩擦打火 。
虽然这是唯一看似有事实依据的相对最可能说法；但当时的普通黑火药是否具有2万吨TNT当量使千斤石狮飞行于街外、平地陷巨坑二丈许、将衣物卷走而致男女俱赤裸、寸丝不挂的巨大威力，则难以火药焚爆说解释 。况且在王恭厂爆炸之前发生的地鸣和火球等征兆，亦不可能由火药引爆而产生 。另外最具科学性的反证是火药库管理至明朝时已经有百年以上历史，诸多储存安全距离和安全规范已经行之有年，且现代火药库爆炸都不具有整个厂区每一颗火药瞬间同时引爆的范例，正常状况都是先一座库的部分爆炸再逐次爆炸延烧开到周边其他库房，期间中小型爆发不断，绝没有像核弹瞬间全部引爆释放威力的特性……【查看详情】
2、通古斯大爆炸被人们称之为世界三大自然之谜之一的通古斯大爆炸是发生在1908年6月30日上午7时17分（UTC零时17分），地点在俄罗斯西伯利亚埃文基自治区，爆炸发生于通古斯河附近、贝加尔湖西北方800公里处，北纬60.55度，东经101.57度，当时估计爆炸威力相当于10～15百万吨TNT炸药，超过2150平方公里内的6千万棵树焚毁倒下 。通古斯爆炸事件距今已届满一世纪，目前当地的森林与生态环境已恢复 。此事件与3000多年前印度的死丘事件及1626年5月30日北京的王恭厂大爆炸并称为世界三大自然之谜 。
通古斯大爆炸之谜
通古斯大爆炸发生在100年前的1908年6月30日，当地时间早晨7时14分（格林威治时间零时14分） 。爆炸地点位于石泉通古斯卡河流域，位置在北纬60.55度、东经101.57度 。据记载，当天早上7时许，一个火球状天体自东南向西北方向划过天际，其亮度和太阳相当，自东西伯利亚直至石泉通古斯卡河流域近方圆600公里的广大区域都有目击者看到这一现象 。数分钟后，一道强光照亮了整个天空，稍后的冲击波将附近650公里内的几乎所有窗户玻璃都震碎了，并且伴随有蘑菇状云出现 。爆炸发生之际，耀眼夺目，巨响如雷 。方圆千公里之内，都听到了巨大的轰鸣声，当它接近地面时，伴随着阵阵巨响，一股强大的冲击波迅速地由中心向四周横扫而来，一团巨大的蘑菇云飞腾而起，周围几十公里的森林毁于一旦，人畜死伤无数 。爆炸后的2天里的夜晚，北半球的广大地区连续出现白夜现象，甚至在高加索和俄罗斯南部夜晚不用点灯都能看书 。
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