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R语言可视化之ggplot2——KEGG通路富集分析之前分享了如何用ggplot2可视化GO分析的结果 。既然做了GO，当然少不了KEGG了 。
同样的，我们从 DAVID 获取KEGG pathway的结果 。
对于KEGG ， 我比较喜欢做气泡图，这样用两种形式的图结合在一起，效果更丰富更好看一点 。
R数据可视化7:气泡图 Bubble Plot气泡图（Bubble Plot）就是由一个个像气泡元素组成的图，和普通的散点图不同，该图可以展示三维甚至四维信息，如下图： 点的位置即其横纵坐标分别代表了Weight和Height，气泡的大小代表了Age ， 颜色代表了不同个体 。
再举几个例子：
上面用了不同形式展示了GO或其他富集的结果 。上图和右下图中，我们用颜色代表GO的类别，用横纵坐标代表p-value和z-score，用大小代表富集的基因Count 。左下图我们用颜色代表p-value，用大小代表GeneCount ， 横坐标代表GeneRatio，纵坐标代表具体的类别 。
从上述例子中可以发现用气泡图我们能展示更多的数据信息 。随着多组学研究的涌现，我们急需在同一张图表理展现多维的数据 ， 气泡图就是一个不错的选择 。
1）需要什么格式的数据
根据最终想要在气泡图上展示数据的维度以确定数据的格式 。
本次用一个来自于GOplo包的数据EC，该数据为RNA-seq的下游分析数据 。
该数据标准化处理后进行统计分析以确定了差异表达基因 。使用DAVID功能注释工具对差异表达基因（调整后的p值0.05）进行基因注释富集分析 。
由于本次将使用两个包一个是GOplot专门用于转录组数据的下游展示 ， 还有一个是我们常用的画图包ggplot2， 需要注意的是用于ggplot2的作图数据还要基于circ略作修改，具体见下文 。
2）如何作图
GOplot 包提供了直接做气泡图的方法：
略调整参数之后可以对图的布局、颜色等进行调整：
然后，我们来看一看用常见的包ggplot2应该如何做该图 。
首先我们要对数据处理一下，剔除一些不必要的信息：
稍作改变，去除图例添加facet 。
往期R数据可视化分享
R数据可视化6: 面积图 Area Chart
R数据可视化5: 热图 Heatmap
R数据可视化4: PCA和PCoA图
R数据可视化3: 直方/条形图
R数据可视化2: 箱形图 Boxplot
R数据可视化1: 火山图
【R语言】解决GO富集分析绘图，标签重叠问题 前面我给大家详细介绍过
?GO简介及GO富集结果解读
?四种GO富集柱形图、气泡图解读
?GO富集分析四种风格展示结果—柱形图 ， 气泡图
?KEGG富集分析—柱形图，气泡图，通路图
?DAVID GO和KEGG富集分析及结果可视化
也用视频给大家介绍过
?GO和KEGG富集分析视频讲解
最近有粉丝反映说，利用clusterProfiler这个包绘制GO富集分析气泡图和柱形图的时候，发现GO条目的名字都重叠在一起了 。
气泡图
柱形图
这个图别说美观了 ， 简直不忍直视 。经过我的认真研究，发现跟R版本有关 。前面我给大家展示的基本都是R 3.6.3做出来的图 。很多粉丝可能用的都是最新版本的R 4.1.2 。
我们知道R的版本在不停的更新，相应的R包也在不停的更新 。我把绘制气泡图和柱形图相关的函数拿出来认真的研究了一下，终于发现的症结所在 。
dotplot这个函数，多了个 label_format 参数
我们来看看这个参数究竟是干什么用的 ， 看看参数说明
label_format :
【r语言go分析气泡图 r语言分析geo数据】a numeric value sets wrap length, alternatively a custom function to format axis labels. by default wraps names longer that 30 characters

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