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linux命令行并行 linuxshell并行执行( 三 )

IT技术命令


更多远程操作参见入门文档 。
--pipe 参数使得我们可以将输入（stdin）分为多块（block），然后分配给多个任务多个cpu以达到负载均衡 ， 最后的结果顺序与原始顺序一致 。使用 --block 参数可以指定每块的大?。衔?M 。
如果不关心结果顺序，只想要快速的得到结果，可使用 --round-robin 参数 。没有这个参数时每块文件都会启动一个命令，使用这个参数后会将这些文件块分配给job数任务（通过 --jobs 进行指定） 。若想分配更为均匀还可同时指定 --block 参数 。
参考：
官方文档
GNU Parallel指南
Autodock vina 和MGL tools linux版本操作（命令行操作）蛋白质Edit——加polar H ， 加Kollman电荷后，Grid——Macromolecule——choose ， 自动保存pro1.pdbqt
配体 Ligand——Input——QuickSetup ， 自动保存.out.pdbqt
receptor = clusters_0001_model1.pdbqt
ligand = hypericin.out.pdbqt
center_x = 2.148 （第一个文件可以由Docking——output——Vina生成）
center_y = 3.704
center_z = -2.81
size_x = 74.55（大于30*30*30，要增加exhaustiveness）
size_y = 74.55
size_z = 74.55
out = cluster1_hypericin_out.pdbqt
log = cluster1_hypericin_out.log
exhaustiveness=24（可以多少个CPU设置多少个，并行计算，exhaustiveness控制一个docking过程重复计算多少次 ， 越高花时间越长，但也不要设置特别大，也没有意义 ， 要在效率和准确度找一个平衡点）
num_modes=30 （不一定输出30个，可能只找到30构象，也有可能被energy_range限制 ）
energy_range=6 (kcal/mol)
（柔性残基信息：flex=side_chains.pdbqt）
vina --config config1.txt
用pymol打开cluster1_hypericin_out.pdbqt看结果
以下为详细设置和操作：
1. 首先用MGLtools准备蛋白和小分子linux命令行并行的坐标文件（pdbqt）
蛋白质:加氢（Add all hydrogens or just non-polar hydrogens. Merge non-polar hydrogens and their charges with their parent carbon atom）、计算电荷（Assign partial atomic charges to the ligand and the macromolecule (Gasteiger or Kollman United Atom charges))、添加原子类型、柔性残基信息
1. Edit——加polar H，merge nonpolar（自动）后 ，pdbqt中的原子数会改变，加H的时候 ， 可能会重新编号
2.Edit——加Kollman United Atom charges电荷（只能加这个，还可以计算Gasteiger 电荷 ， 其值更负），加电荷后 ， pdbqt中的电荷会改变
配体分子:加氢、计算电荷、确定root（扭矩中心），选择可旋转的键 (Set up rotatable bonds in the ligand using a graphical version of AutoTors) 。linux命令行并行我直接使用的quick setup 。
Tips：H的位置是任意的 ， 仅取决于输入文件；电荷AutoDock Vina ignores the user-supplied partial charges.It has its own way of dealing with the electrostatic interactions through the hydrophobic and the hydrogen bonding terms.
保存pdbqt文件：pro1.pdbqt，pro2.pdbqt，pro3.pdbqt，lig1.pdbqt，lig2.pdbqt ， lig3.pdbqt
2. 写参数文件 config.txt
eg. config.txt
receptor = clusters_0001_model1.pdbqt
ligand = hypericin.out.pdbqt
center_x = 2.148
center_y = 3.704
center_z = -2.81
size_x = 74.55（大于30*30*30 ， 要增加exhaustiveness）
size_y = 74.55
size_z = 74.55
out = cluster1_hypericin_out.pdbqt
log = cluster1_hypericin_out.log
exhaustiveness=15
num_modes=30 （不一定输出30个，可能只找到30构象，也有可能被energy_range限制 ）
energy_range=6
Details：
Input:
--receptor argrigid part of the receptor (PDBQT)
--flex argflexible side chains, if any (PDBQT)

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