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R语言GO功能图 r语言 gsea

IT技术语言

R语言：clusterProfiler进行GO富集分析和Gene_ID转换 ID转换用到的是 bitr() 函数，bitr()的使用方法：
org.Hs.eg.db包含有多种gene_name的类型
keytypes() ：keytypes(x)，查看注释包中可以使用的类型
columns() ：类似于keytypes() ， 针对org.Hs.eg.db两个函数返回值一致
select() ：select(x, keys, columns, keytype, ...) eg.
函数enrichGO()进行GO富集分析，enrichGO()的使用方法：
举例：
R语言画图基础功能 R语言有着很强大的画图功能 。我们可以从下面的语句中得到
1、绘画函数
高级画图功能（创建一个新的图形）
低级绘图函数（在现有的图形上添加元素）
2、绘图参数介绍
高级绘图函数共同参数选项：
其它常用绘图参数（可以使用help(par)查看）
3、画图面板分割
在一个面板中画多张图
（1）、par中参数mfrow和mfcol
（2）、ayout函数
【R语言GO功能图 r语言 gsea】 生成复杂的图形排列
（3）、其它函数
在一个面板中画多张图
4.图形保存
（1）输出到屏幕
windows, X11
（2）输出到文件
df , postscript , xfig, bitmap, pictex, cairo_pdf, svg, png, jpeg, bmp, tiff
通过菜单命令保存图形
[R语言] GO富集分析可视化 GOplot::GOCircle 查看GOplot内示例数据的格式，对自己的数据做处理
观察结论：
观察自己的两个数据表：
table.legend 设置为T时会显示表格
本图中表格和图例是出图后剪切拼合而成，没有用R中的拼图包
【R语言】解决GO富集分析绘图，标签重叠问题 前面我给大家详细介绍过
?GO简介及GO富集结果解读
?四种GO富集柱形图、气泡图解读
?GO富集分析四种风格展示结果—柱形图，气泡图
?KEGG富集分析—柱形图，气泡图，通路图
?DAVID GO和KEGG富集分析及结果可视化
也用视频给大家介绍过
?GO和KEGG富集分析视频讲解
最近有粉丝反映说，利用clusterProfiler这个包绘制GO富集分析气泡图和柱形图的时候，发现GO条目的名字都重叠在一起了 。
气泡图
柱形图
这个图别说美观了，简直不忍直视 。经过我的认真研究，发现跟R版本有关 。前面我给大家展示的基本都是R 3.6.3做出来的图 。很多粉丝可能用的都是最新版本的R 4.1.2 。
我们知道R的版本在不停的更新，相应的R包也在不停的更新 。我把绘制气泡图和柱形图相关的函数拿出来认真的研究了一下，终于发现的症结所在 。
dotplot这个函数 ， 多了个 label_format 参数
我们来看看这个参数究竟是干什么用的，看看参数说明
label_format :
a numeric value sets wrap length, alternatively a custom function to format axis labels. by default wraps names longer that 30 characters
原来这个参数默认值是30，当标签的长度大于30个字符就会被折叠，用多行来展示 。既然问题找到了，我们就来调节一下这个参数，把他设置成100，让我们的标签可以一行展示 。
是不是还是原来的配方，还是熟悉的味道
同样的柱形图，我们也能让他恢复原来的容貌 。
关于如何使用R做GO和KEGG富集分析，可参考下文
GO和KEGG富集分析视频讲解
R语言可视化之ggplot2——KEGG通路富集分析之前分享R语言GO功能图了如何用ggplot2可视化GO分析的结果 。既然做R语言GO功能图了GOR语言GO功能图 ， 当然少不了KEGG了 。
同样的，我们从 DAVID 获取KEGG pathway的结果 。
对于KEGG ， 我比较喜欢做气泡图，这样用两种形式的图结合在一起，效果更丰富更好看一点 。

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