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不用r语言做go富集 r语言没有这个数据集( 二 )

IT技术分析


首先，打开 TBtools GO 富集分析界面
整体如上，一共三个文件：
具体示例如下
点击 Start，随后等待即可 。完成时会有弹窗提示 。查看输出文件
（写到这里，突然觉得这些都没啥意思，不知为何....就不详细写了，大伙自己看看列名，猜猜吧）
很多时候，我们会选择，筛选第一列，只看 Biological Process 。一般这些与我们的生物学认知会贴近一些 。
基因集合功能富集分析，是一个常常被谈起的话题，甚至近期都有不少新方法或算法被提出 。感兴趣的朋友可以去了解 。这份教程，只与大伙说最简单，但也是使用最为广泛的一种富集分析模式 。无论是不是 TBtools 用户 ， 理论上来说 ， 都可以轻松理解并掌握，从原理到实践 。
写到一半，其实我已经不想写了 。原因非常简单，这也是为什么在我之前，并没有一个人写出来 TBtools 类似的工具 。不是写不了，而是不想写 。有时候，随着能力增长和知识积累 ， 往往不再愿意做一些简单的事情 。或许这还涉及到年龄的增长，角色的转变 ， 责任的变化....云云 。
小时候，我以为写 TBtools 玩玩；
后来，我以为我会一直写下去；
现在，，，，，，
【R语言】解决GO富集分析绘图 ， 标签重叠问题 前面我给大家详细介绍过
?GO简介及GO富集结果解读
【不用r语言做go富集 r语言没有这个数据集】?四种GO富集柱形图、气泡图解读
?GO富集分析四种风格展示结果—柱形图 ， 气泡图
?KEGG富集分析—柱形图，气泡图 ， 通路图
?DAVID GO和KEGG富集分析及结果可视化
也用视频给大家介绍过
?GO和KEGG富集分析视频讲解
最近有粉丝反映说 ， 利用clusterProfiler这个包绘制GO富集分析气泡图和柱形图的时候，发现GO条目的名字都重叠在一起了 。
气泡图
柱形图
这个图别说美观了，简直不忍直视 。经过我的认真研究，发现跟R版本有关 。前面我给大家展示的基本都是R 3.6.3做出来的图 。很多粉丝可能用的都是最新版本的R 4.1.2 。
我们知道R的版本在不停的更新 ， 相应的R包也在不停的更新 。我把绘制气泡图和柱形图相关的函数拿出来认真的研究了一下，终于发现的症结所在 。
dotplot这个函数，多了个 label_format 参数
我们来看看这个参数究竟是干什么用的，看看参数说明
label_format :
a numeric value sets wrap length, alternatively a custom function to format axis labels. by default wraps names longer that 30 characters
原来这个参数默认值是30 ， 当标签的长度大于30个字符就会被折叠，用多行来展示 。既然问题找到了，我们就来调节一下这个参数，把他设置成100，让我们的标签可以一行展示 。
是不是还是原来的配方，还是熟悉的味道
同样的柱形图，我们也能让他恢复原来的容貌 。
关于如何使用R做GO和KEGG富集分析，可参考下文
GO和KEGG富集分析视频讲解
不用r语言做go富集的介绍就聊到这里吧，感谢你花时间阅读本站内容，更多关于r语言没有这个数据集、不用r语言做go富集的信息别忘了在本站进行查找喔 。

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