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go 富集分析,go富集分析bp,cc,mf什么意思

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GoKegg富集分析含义GoKegg富集分析是分析一组基因在细胞、组织或生物体中是否有共同点的生物信息学工具 。GO和pathway富集分析都涉及后台；在做分析时,分析工具会提供一些数据，供用户选择或使用定制的genelist 。

1、GO和KEGG 富集倍数(FoldEnrichment前面我们简单介绍了ggplot2绘制KEGG 富集柱形图 。其实GO 富集结果的显示要比KEGG复杂一点，因为GO还可以进一步分为三类 。BP:生物过程 ， 生物学过程 。MF:分子功能，分子功能 。CC:细胞成分，细胞成分 。所以在画图的时候，我们需要区分这三类 。

我们用富集 分析的结果表来解释一下这三张图中横坐标的具体含义 。首先，我们来看看这个表中每一列的含义 。这个表中没有提到富集 foldenrichment，所以我们很容易理解上面三张图的横坐标，即Count、GeneRatio和foldenrichment 。

2、RNA-Seq(9最广为人知的富集 分析方法是将上调和下调的基因分离或合并，使GO和KEGG 富集 分析 。往往有一些数据集，使用差异基因无法得出结果 。那是因为富集没有任何通路，这很正常 。试试GSEA，不是取不同的基因，而是取所有的基因作为输入 。GSEA和GO的区别，KEGG 分析: GO，KEGG 分析更多的是依赖于不同的基因，但实际上对于某些基因是分析(忽略差异不显著的基因)，而GSEA是从所有基因的表达矩阵中找出协同差异的 。所以差异不大的基因GO可以考虑，KEGG 富集是定性的分析 ， GSEA考虑了表达或其他测量水平的影响 。

3、GO 富集结果整体可视化GO(GeneOntology)是基因功能的国际标准分类体系 。本文的目的是从分子功能、生物过程和细胞成分三个方面来定义和描述基因和蛋白质的功能，建立一个适用于各种物种并能随着研究的深入而更新的语言词汇标准 。

【go 富集分析,go富集分析bp,cc,mf什么意思】GO 分析的操作在此不再赘述 。网上有很多相关的帖子，基本上常规种都可以用clusterProfiler包解决 。今天我要讲的是如何可视化GO 分析的结果 。对于GO 富集结果的可视化，最常用的方式是用条形图和气泡图展示一些关注的项目 。以上两种呈现形式是最常见的，可以很好的展现关注的项目 。我们都知道有时候GO 富集有很多词条 。如果要整体预览，有没有办法显示所有词条都涉及哪些功能？

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