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edger做转录组分析,转录组分析的主要用途

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差异表达edgeR，转录组表达定量-Readcount？2.CPM: CountSpermillion数值概念:计算公式:CPMA/mappedreads*A是某个基因的readcount 。用途:用于换算CPM、RPKM、FPRM等后续指标；同时作为基因差异分析软件(如DESeq和edgeR)的输入值，也就是说差异分析的结果来自readcount的计算，而不是CPM、RPKM和FPKM，表达式量化的结果主要用于主成分分析和层次聚类/ 。

1、 转录组表达定量-Readcount?CPM?RPKM?FPKM?1 。readcount值的概念:匹配某个基因的读取次数 。用途:用于换算CPM、RPKM、FPRM等后续指标；同时作为基因差异分析软件(如DESeq和edgeR)的输入值，也就是说差异分析的结果来自readcount的计算，而不是CPM、RPKM和FPKM，表达式量化的结果主要用于主成分分析和层次聚类/ 。2.CPM: CountSpermillion数值概念:计算公式:CPMA/mappedreads*A是某个基因的readcount 。

2、 转录组数据定量归一化我们经常看到类似的问题:转录组排序分析FPKM和TPM哪个归一化方法更好？我不是盲从 。之前一直在用FPKM，在Nature，Science，Cell的文章里都能看到FPKM 。不过最近对转录组量化归一方法有了新的认识 ， 借此机会和大家分享几种归一方法和分析工具的异同 。目前转录组测序(RNAseq) 分析是非常成熟的研究方法，有很多分析工具和方法供大家使用，其中，基因的阅读片段数或转录 book (readcount

3、单细胞 转录组 分析—追踪移植后造血干细胞的分化由于技术限制，移植的造血干细胞(HSCs)在预处理的宿主中的性能尚未得到研究 。这里，利用单细胞RNA测序 ， 我们首先获得了基于转录 group的28种造血细胞类型的分类 。然后我们结合Function 分析追踪免疫表型纯化造血干细胞移植后第一周的动态变化 。根据我们转录的分类，骨髓和脾脏中的HSC大部分成为多能祖细胞，偶尔也有部分HSC产生巨核细胞或髓系前体细胞 。

【edger做转录组分析,转录组分析的主要用途】因此，本研究揭示了清髓性受者HSC早期移植的动力学和命运选择，对造血干细胞和其他干细胞的临床应用具有一定的指导意义 。造血干细胞可以产生造血系统 ， 从而为许多破坏性疾病的患者提供了宝贵的再生医学(移植)来源 。在临床实践中，移植的干细胞通常会遇到患病或受损的受体环境 。虽然有许多疾?。壳岸曰颊叩囊浦卜桨干婕耙浦睬盎苹蛉碚丈涞脑ご?。

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