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gce分析基因组大小,流式细胞分析 基因组大小

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文档包含基因组-2/的粗略估计 。基因组Survey分析用于计算测序数据中的碱基数，从而计算测序深度(depth)totalBasea/genomesize)因为rice 基因组 大小约为0.4G，所以可以知道测序深度为50.4g..gce的用途:参数说明:gce的结果文件为species.table和categories.log. 。
1、kmer 分析的几款软件介绍1 .水母运行水母2 。使用GCE进行基因组-2/评估 。GCE软件包主要有kmer_freq_hash和gce 。前者用于kmer的频率统计，后者基于前者的结果用于基因组 大小的精确估计 。kmer_freq_hash的常用参数:运行kmer _ freq _ hash的主要结果文件是species.freq.stat
【gce分析基因组大小,流式细胞分析 基因组大小】该文件有255行 ， 第225行表示kmer重复次数> 255的kmer类别的总数 。该文件用作gce的输入文件 。从kmer_freq_hash输出到屏幕的信息保存到文件kmer_freq.log中 。该文件包含基因组-2/的粗略估计 。Kmer_individual_num数据用作gce的输入参数 。gce的用途:参数说明:gce的结果文件为species.table和categories.log..
2、 基因组survey 分析用于计算测序数据中碱基的个数，从而计算测序深度 。depth)totalBasea/genomesize因为rice 基因组 大小约为0.4G，所以可以知道测序深度为52.425x .主要用于kmer计算，1.使用count命令执行计数功能，结果是一个二进制文件 。2.如果上半部分有多个结果，融合二进制输出结果(未尝试) ， 3.通过计算结果绘制直方图 。4.对out结果进行统计 ， 可以统计出kmer总数、唯一kmer数、只出现过一次的kmer数、出现次数最多的kmer数 。

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