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upgma聚类分析

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基于ssr遗传多样性分析注基于种群聚类，我们来爬聚类树！我们经常听到:进化树，种系树 ， 系统进化树，其实都是用来推测物种的进化机制，以及预测机制背后的关键作用 。基于距离的方法有:UPGMA(现在很少用)、ME(MinimumEvolution最小进化法)、NJ(邻域连接法)基于特征:MP (Maximum MP(Maximumparsimony)、ML(Maximumlikelihood最大似然法)和Bayesian推论贝叶斯法)完成，一般要用bootstrap(自膨胀率)或后验概率(后验概率)来评价这个方法最准确 ， 但也最慢【看来这是软件的通?。热绫冉弦彩钦庋偻丫峁┝藀df的官方教程，软件安装有三大系统平台，但我还是推荐linux，如果你能使用服务器，你可以运行它 ， 一是节省时间，二是减少自己的电脑消耗 。

1、基于的ssr遗传多样性 分析注基于人群聚类，个人对独特等位基因的理解是ssr引物1扩增出的ab2条带(二倍体)，ab的长度可能相同也可能不同 。如果条带A的长度在所有样品DNA中是相同的，则它不是多态性条带 。如果有差异，属于多态带？让我们在学习中慢慢了解 。光是理解这个问题就要花很多时间 。多态带应属于显性标记的内容 。文献中说ssr也有多态性片段的概念作为ISSR检测过程，ISSR引物不分为FR 。
2、一起来爬 聚类树!【upgma聚类分析】我们经常听到:进化树，种系发生树 ， 其实都是用来推测物种的进化机制，以及预测机制背后的关键作用 。基于距离的方法有:UPGMA(现在很少用)、ME(MinimumEvolution最小进化法)、NJ(邻域连接法)基于特征:MP (Maximum MP(Maximumparsimony)、ML(Maximumlikelihood最大似然法)和Bayesian推论贝叶斯法)完成，一般要用bootstrap(自膨胀率)或后验概率(后验概率)来评价这个方法最准确 ， 但也最慢【看来这是软件的通?。?比如比较也是这样官网已经提供了pdf的官方教程，软件安装有三大系统平台，但我还是推荐linux 。如果你能使用服务器，你可以运行它 ， 一是节省时间，二是减少自己的电脑消耗 。

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