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plink 关联分析

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plink How 分析3 SNP等位基因，plinkHow分析单核苷酸多态性(SNP)，与- LD) 分析是群体遗传学研究中分析的共同内容，也是基础在许多GWAS的文章中，会出现LD衰减图和单体型阻断图 ， 接着是连锁不平衡 。

1、GWAS 分析-说人话(8知道自己在做什么很重要！为什么要合并数据？这是个性化的GWAS 分析 。plink仅识别具有“一个”名称的文件(MY_DATA如下所示) 。聪明的你应该知道我是在告诉你“制作我的_数据”的过程 。你觉得网上还有其他教程吗？我不这么认为！文章是从上一次(GWAS 分析说人话(三)打开文件)继续的 ， 在华丽的分割线之后 。

在线教程是这样的:Plink合并文件实际上是什么样子的？当然根据你要合并的文件格式(我说很重要！GWAS 分析与人交谈(2)知道文件名)，并选择相应的指令格式 。合并数据前，如果是subgroup 分析 ， 记得修改fam文件第六行的值！(GWAS 分析说中文(4)打开文件GWAS 分析说中文(4)打开文件)(盒子里的说明是直接复制的，只需要根据需要修改粗体部分，大神只是忽略盒子里的内容 。

2、群体遗传 分析—LD连锁不平衡【plink 关联分析】当一个基因座的某个特定等位基因和另一个基因座的某个等位基因同时出现的概率大于群体中随机分布的两个等位基因同时出现的概率时，称这两个基因座处于连锁不平衡状态 。d是LD(连锁不平衡)的基本单位，衡量观察到的单体型频率与平衡时预期频率之间的偏差 。虽然D可以很好地表达LD的基本含义，但它不适合表达实际的LD强度，尤其不适合用于不同研究中LD值的比较，因为它严格依赖于等位基因频率 。

LD的计算方法如下:1 。有两个基因座(A，B)，等位基因为A，A，B and B，分别对应人群中的频率f(a)，f(A) ， f (b)，f(B) 。2.两个基因座有aB ， ab，AB，Ab四种单倍型，对应频率f(AB当Dab≠0时，处于连锁不平衡状态 。

3、2021-01-27林木全基因组关联 分析(GWAS1 。林木的目标改良性状多为数量性状，在全基因组水平上由多个基因位点共同控制 。它们的遗传变异效应可分为基因的加性和显性效应、基因的上位性效应和基因环境的互作效应 。以前应用基于家系群体的数量性状基因座作图分析方法 ， 在林木复杂性状的遗传分析方面取得了显著进展 。2.然而，由于大部分树系作图是基于低代杂种群体如F1、F2或BC1 ， 遗传变异丰富度低，染色体重组事件有限 。

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