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甲基化测序分析建立索引Bismark _ genome _ preparation bow tie 2/Verbose index/比较Bismark bow tie 2 n0l 20 quientunambiguousanmucedocedonide _ coverage genome index/Sam tools _ path/gpfs 03/home/jingjing/software/Sam tools 1.9/osrr 1../fastq/srr.1 _ 1.fastq.gz2../fastq/SRR . 1 _ 2.fastq.gz重复数据删除_ bismarksamtools _ path/gpfs 03/home/jingjing/software/Sam tools 1.9/PSRR . 1 _ 1 _ bismark _ bt2 _ PE . Sam output _ dirdedup提取甲基化信息bismark _ methylation _ extractor companhundieno _ overlapped graphiccountrsbuffer _ size 200 。

1、HarvardFASInformatics出品的ATAC-seq测序指南github link:Harvard informatics/ATA cseq参考:ATA cseq:methodforassaychromics可及性全基因组建议bowtie2进行序列比对 。常用的参数如下:默认输出格式为SAM文件，包含各序列的比较信息 。

最好的分析过程是:ATACseq数据一般含有相当比例的线粒体DNA，详见讨论 。CRISPR技术可用于去除线粒体基因组污染 。也可以参考最近发表的OmniATAC用去污剂去除线粒体DNA的方法，这种方法对于大多数研究者来说可能更容易操作，但是不要按照他们的分析process分析data 。无论用什么实验方案，测序数据中都会有线粒体DNA 。

2、生信 分析软件总结合集 EDTA: te注释工具在持续更新中 。它是一个工具包，可以从零开始对全基因组中的te进行注释，并评估现有TE库注释的优缺点 。该工具的主要步骤是过滤掉原始te中的注释错误，从而对全基因组中的高质量非冗余TE库进行注释 。OrthoFinder:用于进化、基因家族分析和比较基因组学 。它搜索谱系和直系同源 ， 推断所有谱系的根基因树 ， 并识别这些基因树中的所有基因复制事件 。

TRF:这是一个软件 ， 通常用于检测基因组注释中的串联重复序列 。咖啡馆:基因家族的收缩与扩张 。gmata:分析基因组中的SSR序列(SSR:微卫星序列，串联重复)RepeatMask:识别转座子(te)和屏蔽转座子(TE) 。PASA:是一款真核基因组注释工具，利用转录组数据的选择性剪接，比对自动构建的基因结构模型，使基因结构注释与转录组实验数据保持一致 。

3、甲基化测序 分析Establish index Bismark _ genome _ preparation bow tie 2/verbose index/Compare Bismark bow tie 2 n0l 20 quiet unambiguousanmnucleotide _ coverage genome index/Sam tools _ path/gpfs 03/home/jingjing/software/Sam tools 1.9/osrr 1../fastq/SRR . 1 _ 1 . fastq . gz2 ./fastq/SRR . 1 _ 2.fastq.gz重复数据删除_ bismarksamtools _ path/gpfs 03/home 。晶晶/软件/Sam tools 1.9/PSRR . 1 _ 1 _ Bismark _ BT2 _ PE 。SamOutput _ Dirdedup提取甲基化信息Bismark _ methyl ization _ Extractor comprehensive no _ Overlapped graphic counts buffer _ Size 200可移植性 。
4、HiC数据 分析之-HiC-Pro【botie分析】软件安装:主要编辑系统文件:prefix/gpfs 02/home/jingjing/Software/hicpromaster bow tie 2 _ Path/gpfs 01/Software/Bio/bow tie 22 . 2 . 4 Sam tools _ Path/gpfs 01/Software/Bio/Sam tools 1.7R _ Path/gpfs 02/Software/General/r 3 . 5 . 0/Bin python _ Path ~/miniconda 2/Bin/Cluster _ sys LSF安装:makeconfiguremakeinstall软件使用:其实思路和之前差不多在处理比较结果的时候增加了并行化，其实就是复制的概念，也就是划分比较结果，多核处理 。

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