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edger转录组差异分析,转录本差异表达分析

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差异表达式edgeR，edgeR ， edger如何进行无参数转录group-3转录group测序是RNA水平测序，相当于DNA水平的基因组测序 。gene差异Expression分析cummerbund和DESeq有什么区别，limma？gene差异Expression分析cummeRbund和DESeq，edgeR有什么区别limma差异Expressed gene分析组间表达差异是根据表型协变量(分类变量)鉴定的，属于一种监督分类 。

1、两个不同水稻品种里面 差异表达的基因怎么筛选筛选两个不同水稻品种间表达的基因差异，可采用转录group分析的技术 。以下是一些可能的步骤:RNA提取:可以从两种不同品种的水稻中提取RNA，使用商业RNA提取试剂盒或自己制备RNA提取试剂 。RNA测序:RNA测序完成后，可以利用RNA测序技术，如IlluminaHiSeq或PacBioSMRT，获得覆盖的全基因组转录 this序列 。

转录本次量化:使用基因组注释文件将RNA序列与参考基因组进行比对，进行转录本次量化 。可以使用一些开源工具如Kallisto、Salmon等 。差异表达基因的筛选:使用差异Expression分析deseq 2、edgeR等工具 。比较两个品种差异的基因表达 ， 筛选出-功能注释:对差异表达基因进行注释，如基因本体分析、KEGG途径分析等 。，了解这些基因的生物学功能和代谢途径 。

2、 转录组表达定量-Readcount?CPM?RPKM?FPKM?1 。readcount值的概念:匹配某个基因的读取次数 。用途:用于换算CPM、RPKM、FPRM等后续指标；同时，作为gene 分析软件(如DESeq和edgeR)的输入值，也就是说差异 分析的结果来自于readcount的计算，而不是CPM、RPKM和FPKM，表达式量化的结果主要用于主成分 。2.CPM: CountSpermillion数值概念:计算公式:CPMA/mappedreads*A是某个基因的readcount 。

3、 转录组数据定量归一化【edger转录组差异分析,转录本差异表达分析】我们经常看到类似的问题:转录组排序分析FPKM和TPM哪个归一化方法更好？我不是盲从 。之前一直在用FPKM，在Nature，Science，Cell的文章里都能看到FPKM 。不过最近对转录组量化归一方法有了新的认识，借此机会和大家分享几种归一方法和分析工具的异同 。目前转录组测序(RNAseq) 分析是非常成熟的研究方法，有很多分析工具和方法供大家使用，其中，基因的阅读片段数或转录 book (readcount

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