deg聚类分析热图你怎么看?群热图的聚类应该经常会遇到这样的热图,也就是说它的聚类情况无法匹配群信息 。热图 聚类位置不好?聚类 分析(本例直接使用过滤后的数据集,聚类 graph的效果稍差),R 聚类 热图-数据的标准化最近一直在研究转录组分析,在绘制差异表达基因热图的时候遇到了一个坑 。
1、试图厘清 热图相关的一些细节【热图 聚类分析,热图聚类分析的树状表达什么意思】严森语:生活中很多时候,习惯了做事不知道为什么,结果通常都不好 。原因在于经常盲目自信 , 偶尔不愿意承认自己的无知 。最后一条推文介绍了使用Origin绘制热图的方法 。推文一经发出,我就意识到这是极其草率的 。原因是我根本没搞清楚热图的来龙去脉,就用一堆乱七八糟的数据瞎折腾 。感觉草率,还有几点:所以这两天试着写了一篇关于热图的推文,以扩大对热图的认识 。
因为以下几点,我没有去找出处 。【言归正传】先说一组数据 。还是用上一条推文的数据 。先不要着急可视化,我们先思考一个问题 。这是什么数据?因为我找到的数据 , 我必须知道这是tpm值 。不管tpm值是多少 。还有一个问题,tpm可以直接作为热图?如果不能直接使用,该怎么办?显然 , 这个时候你无法回答这样的问题 。【基本认知】不管上面的数据是什么,我们都知道这些数据来自于RNASeq,所以我们先想想为什么要做RNASeq 。
2、 热图 聚类位置不如意?你动手调啊...如上图所示,左右实际上是一组数据图像,基因之间的聚类关系完全相同,只是显示位置不同 。这个功能,其实我早就间接体会到了 。这个操作的实现其实是一件比较麻烦的事情 。这几天看到一些疑问,猜想,或者同一个人换了不同的QQ号 。我还得提交毕业论文 。你赶时间吗?我个人比较有信心,目前的热图画图工具根本没有一个支持这个操作 。
反正因为操作看起来有点繁琐,所以决定直接写一篇推文 , 主要分两部分:首先要有热图然后要有聚类的关系 。这个时候你要把鼠标移到空白处,点击右键,其实前面也提到了,就是这个和程序的实现有关 。我们都知道,重新定位其实是一个比较不常见的要求,尤其是出现在热图的图纸中 。据我所知,没有热图画图工具支持这种调整(当然,很可能是因为我用的软件太少) 。
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