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gromacs分析氢键个数的完成命令

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【gromacs分析氢键个数的完成命令】gromacs如何读取分子的质心运动坐标Gromacs没有图形界面 。你需要的是给出一组分子坐标，告诉Gromacs计算的参数，你就会得到结果，为什么编译的gromacs多GPU加速不好？利用vmd和gromacs gro和top文件构建碳纳米管的方法有很多种，简单快捷，我在这里使用VMD软件中的NanotubeBuilder插件来构建碳纳米管，相对简单方便 。

1、为什么编译出的 gromacs多GPU加速效果不好 2、利用vmd和 gromacs简单快速构建碳纳米管的gro和top文件制造碳纳米管的方法有很多种 。我在这里使用VMD软件中的NanotubeBuilder插件来构建它们 ， 相对简单方便 。主要思路是利用VMD内置的碳纳米管生成器生成gro文件格式的碳纳米管，然后用gromacs 命令生成碳纳米管的拓扑文件 。具体操作方法是我们可以看到构造碳纳米管的几个重要参数:点击generatenanotube返回VMDmain窗口 ， 双击生成的新项就可以看到构造好的碳纳米管 。

命名为cnt664.gro ， 具体含义可以在李老师的博客里找到 。具体方法如下:力场修正完成后 ， 我们使用下面的命令将gro文件转换为top文件GMX _ MPIX2TopFCNt664 。GroocNt664 。将安装路径中的force字段复制到执行目录 ， 按照上述方法修改后 ， gromacs program会让你选择使用当前的 。

3、 gromacs怎么读取某一个分子的质心运动坐标Gromacs没有图形界面 。你需要的是给出一组分子坐标，告诉Gromacs计算的参数，你就会得到结果 。结果是一组坐标，需要用PyMol等分子可视化软件查看 。所以Gromacs并不是像Windows程序一样打开使用 。关于Gromacs的使用方法，可以在官网找到一些教程，官网也有用户手册，里面有命令的解释 。
4、 gromacs中有多少个力场 gromacs Amber03FFAMBER94 。FFAMBER96 ， FFAMBER99 。FFAMBER99SB ， 龙涎香 。FFcharmm27，FFGMX2 。FFGMX，FFOPLSAA 。FFGROMOS43A 1，FFGROMOS43A 2 。4.5.5的FFGROMOS45 ， a3 . ffgromos 53 a5 . ffgromos 53 a6 . ffen cads . ffen cadv . ff。

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