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基因进化树分析,基因家族进化树怎么分析

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基因家人分析姚分析全身基因姚分析全身基因 。基因Family分析不需要分析全长基因 ， 在基因 family分析中，研究者通常会寻找家族成员序列的异同 ， 并利用这些信息来理解基因family，进化树的分支的图像称为进化的拓扑结构，其中分支长度表示这个分支进化的过程中的变化程度，标有进化分支长度的分支称为scaledbranch 。

1、生物学中构建 进化树的意义是什么?构建“进化 tree”有利于人们更好地理解进化上不同生物的相互关系和亲缘关系 。进化 Tree是借助生物科学中的学科来构建的，如分类学、遗传学、生物化学、分子生物学等 。，而且在一定程度上是科学的 。可根据蛋白质的序列或结构差异构建分子树或系统发育树 。进化 tree给出了一个分支层次结构或拓扑图，它反映了复制或共享一个共同祖先的新基因生物体之间的差异 。分支的长度反映了这些事件发生时存在的蛋白质和蛋白质之间的距离 。

2、Orthofinder2鉴定单拷贝 基因并构建 进化树实验目的:比较基因组学 ， 从基因组获得单个拷贝，构建一棵有根进化树，估计分化时间 。最后画出了进化 tree带分化时间的实验流程:orthofinder2获得单拷贝基因muscle多序列比对寻找保守位点iqtree2构建进化 tree MCMCTREE计算分化时间(1)单拷贝-0 。(2)Muscle/maft/ClustalW/TCO ffee的多序列比对 。本实验用Muscle(3)检索保守区，连接结束形成supergene，用软件GB blocks(4)进化tree构建RaxML、PhyML或Mrbayes 。

3、如何 分析系统发育树 进化树由节点和进化分支组成，每个节点代表一个分类单位(属、种群、个体等 。)，而进化 branch定义了一个分类单位(祖先进化 tree的分支的图像称为进化的拓扑结构，其中分支长度表示这个分支进化的过程中的变化程度 ， 标有进化的分支称为scaledbranch 。

进化分支可以不标注 ， 不标注分支的长度不表示变化的程度，虽然分支的某些部分标注了点 。进化树可以有根也可以无根，分为有根树和无根树两大类 。在有根树中，有一个特殊的节点叫做根，用来表示一个共同的祖先，其他节点可以由这个点以唯一的方式生成；有根树是有方向的树，包含唯一的节点，没有共同的祖先或进化 path 。

4、分子 进化树构建及数据 分析方法介绍【转】首先是方法的选择 。基于距离的方法有UPGMA、ME(MinimumEvolution，minimum 进化 method)和NJ(neighborhood joining) 。其他方法包括MP(Maximumparsimony)、ML(Maximumlikelihood)和贝叶斯推断 。UPGMA方法已经用的比较少了 。

对于相关序列，有些人喜欢MP，因为它使用的假设最少 。MP一般不用于远序列，此时一般用NJ或ML 。对于相似度较低的序列，NJ常出现长枝吸引(LBA)，有时会严重干扰进化树的构建 。贝叶斯方法太慢了 。对于通过各种方法构建分子树的准确性，综述(HallBG .MolBiolEvol2005，

5、分子 进化树构建及数据 分析方法介绍转自:首先是方法的选择 。基于距离的方法有UPGMA、ME(MinimumEvolution，minimum 进化 method)和NJ(neighborhood joining) 。其他方法包括MP(Maximumparsimony)、ML(Maximumlikelihood)和贝叶斯推断 。

一般来说，如果型号合适，ML的效果更好 。对于相关序列，有些人喜欢MP，因为它使用的假设最少 。MP一般不用于远序列 ， 此时一般用NJ或ML 。对于相似度较低的序列，NJ常出现长枝吸引(LBA)，有时会严重干扰进化树的构建 。贝叶斯方法太慢了 。对于通过各种方法构建分子树的准确性 ， 综述(HallBG .MolBiolEvol2005，

6、 基因家族扩张与收缩 分析及物种 进化树构建(上首先选取不同物种的蛋白质数据集:Arabidopsis _ thaliana.fa；Citrus _ grandis.faDimocarpus _龙眼. fa；Durio _ zibethinus.faPrunus _ persica.fa葡萄；Citrus _ clementina.faCitrus _ sinensis.fa柿树；苹果_苹果. fa；水稻；然后Pyrus_communis.fa进行数据处理，去除冗余 ， 只保留最长的抄本 。移除可变剪切:Python3RemovedundantProteins 。小输入 。粮农组织的产出 。FaremoveredundantProteins.py将处理后的数据放在一个文件夹“Dataset”ortho finder软件中，之前有一篇文章已经介绍过了，这里就不赘述了 。这个软件安装起来非常友好，直接安装在康达就可以了；诺胡.
7、 基因家族 分析要 分析全长 基因吗【基因进化树分析,基因家族进化树怎么分析】姚分析全长基因 。基因Family分析不需要分析全长基因，基因家族是指一个生物体内有多个基因，这些基因具有相似的序列和功能 。在基因 family分析中，研究者通常会寻找家族成员序列的异同，并利用这些信息来理解基因family，当分析 基因家族成员序列时，研究者通常会使用一些工具和算法来比较不同的基因序列 ， 包括比对算法、聚类算法、进化 tree- 。

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