锐客网

  1. 首页 > 睿知 > >

转录组分析工具大比拼

经验分享睿知

跟着细胞学单细胞转录群分析(五本书续)(跟着细胞学单细胞转录群分析 (4):单细胞转录群测序UMAP 。10X space转录group data分析combing space转录genomics(ST)技术正在迅速成为单细胞RNA测序(scRNAseq)的延伸 ， 具有以单细胞分辨率分析表达基因的潜力 ， 同时保持 。

1、单细胞 转录组(SinglecellRNA近几年单细胞实验和分析技术如雨后春笋，相关文章层出不穷，各种软文也是铺天盖地 。笔者辛辛苦苦整理了一篇关于单细胞的长文，详细介绍了单细胞的整体转录group分析-3/ 。这是第一条 。先来看看单细胞转录群的基础知识 。单细胞转录群是某一时刻单个细胞内所有mRNA的总表达量，其表达量反映了细胞的整体特征 。随着2009年唐福桥先生对单细胞转录成组技术的发展，单细胞转录成组技术如雨后春笋般涌现，如Smartseq、CELSeq、QuartzSeq、Dropseq、InDropseq、Smartseq2等 。

2、...|CellTrek:结合空间和单细胞 转录组数据 分析空间结构2022年3月，尼克拉斯 。德克萨斯大学的Nasvin在NatureBiotechonology上发表了一篇题为“SpatialChartingofSinglecell转录问题”的研究论文，并开发了一种叫做CellTrek的计算方法 。结合spatial 转录 group和single cell 转录 group数据集，通过共嵌入和度量学习方法实现了单个细胞的空间映射 。
【转录组分析工具大比拼】
3、跟着Cell学单细胞 转录组 分析(五本书最后一部分(继细胞科学单细胞转录群分析 (4):单细胞转录群测序UMAP降维聚类) 。在完成数据约简和细胞聚类后，最重要的环节和工作就是确定每个细胞群，以及是什么样的细胞 。阳性组的细胞分组非常重要，涉及到整个研究 ， 所以这一步宁可多花时间也不要出错 。当然 ， 这不是一蹴而就的，需要反复确认 。要确定每一组是什么细胞，首先需要知道细胞组的标志基因，因为不同类型的细胞所突出的基因也是不同的 。

Seurat提供了几个函数，如FeaturePlot()、DotPlot()和DoHeatmap() 。根据文章中的mrker基因，做一些可视化 。点阵图:UMAP图:热图:很明显，这些都是默认地图，离贴文章还有一定距离 。后面会具体讲解个性化装修，争取更好的可视化 。下一步是细胞分组，每个细胞组都要命名 。

    推荐阅读


    上一篇：dns欺骗原理及工作工程分析

    下一篇：聚划算历史数据分析