锐客网

  1. 首页 > 睿知 > >

kegg分析是什么,KEGG富集分析

经验分享睿知

go富集和kegg富集的区别一直不清楚，只知道基因富集到代谢 。ClusterProfiler是一个功能强大的R包，同时支持GO和KEGG的丰富分析，可视化功能非常出色，本章主要介绍利用这个R包分析对基因本体的丰富 。
1、微生物通路预测中代谢遗传信息处理细胞过程等代表什么微生物多样性研究16SrRNA基因功能代谢预测微多样性研究16SrRNA基因功能代谢预测1.16SrRNA基因功能代谢预测对于微生物状态研究，我们最关心的是菌群的代谢功能 。随着data 分析技术的发展，我们现在可以根据已知的微生物基因组数据(如16SrRNA基因的测序结果) ， 从物种的“部位”与其“功能”的对应关系来预测菌群的代谢功能 。
2、GO、KEGG富集 分析(一一般对基因的描述是从三个层面进行的:这三个层面具体指的是获取GO注释做GO的思路分析；比如在疾病研究中，一些基因的表达在药物治疗后发生了明显的变化，拿这些基因做GO 分析在生物过程中发现 。这个例子是为了启发大家，得到差异表达基因DEG只是一个开始，接下来要做GO注释，接下来需要做a 分析，看看这些注释主要集中在哪里 。
GO enrichment分析Principle:一个$ term注释了100个差异表达基因参与的过程 。标注后(所有模式生物都有现成的标注包，我们不需要自己标注)，我们计算了它相对于背景是否显著集中在某个途径、某个细胞学位置、某个生物学功能 。ClusterProfiler是一个功能强大的R包 ， 同时支持GO和KEGG的丰富分析，可视化功能非常出色 。本章主要介绍利用这个R包分析对基因本体的丰富 。
3、RNA-Seq(9最广为人知的富集分析方法是分离或组合上调和下调的基因，用于GO和KEGG富集分析 。往往有一些数据集，使用差异基因无法得出结果 。那是因为不丰富任何通路是正常的 。试试GSEA，不是取不同的基因，而是取所有的基因作为输入 。GSEA和GO的区别，KEGG 分析: GO，KEGG 分析更多的是依赖于不同的基因，但实际上对于某些基因是分析(忽略差异不显著的基因) ， 而GSEA是从所有基因的表达矩阵中找出协同差异的 。所以差异不大的基因GO可以考虑，KEGG富集是定性的分析 ， GSEA考虑了表达或其他测量水平的影响 。
4、目前常用生物信息学 分析方法有哪些目前比较流行的数据库有GEO、TCGAGEO 分析主要是芯片差异分析、可以通过GO和KEGG函数富集差异基因分析TCGA数据库是癌-差异miRNA、差异lncRNA、下载整理临床资料、做生存分析、困难COX
5、怎么做基于KEGG的生物通路富集 分析如何用KEGG定位基因属于哪个代谢途径:目前代谢途径在pathway数据库中建立的最好 ， 大约有90个图的参考代谢途径 。每个参考代谢途径都是由酶或EC数组成的茎网络 。可以用以下方法通过计算机构建出生物体的独特代谢途径:首先，根据基因的序列相似性和位置相关性确定基因组中酶的基因 。
6、go富集和 kegg富集区别【kegg分析是什么,KEGG富集分析】我一直不清楚两者的具体区别，只知道是把基因富集到代谢中 。前者是功能注释，即每个基因可能参与哪些pathwayterms或GOterms，没有门槛 ， 后者是功能富集，即一个基因集(多个基因)可能显著关注哪些功能，比如选择p 。

    推荐阅读


    上一篇：远控工具就是木马吗？服务器怎样和远程控制工具连接上? 有免费的服务器吗?

    下一篇：情感分析词表,情感定义词表下载