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ngs数据分析,NGS数据分析中merge data

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一般来说，在研究所里 ， 会委托公司对数据进行测序，进行后续的信用分析(质量控制、图谱绘制、差异基因表达分析、SNV分析等 。).转录组基础-什么是RNA-seq在进行转录组数据分析的时候，你会发现两种数据，NGSreads学习多少在学信分析的学习初期，我们只需要贯穿数据分析的全过程，还没有深入讨论数据的质量控制和相应的参数，但是随着学习的深入，有些细节是必须注意的(可能对结果影响很大) 。
1、转录组基础--什么是RNA-seq在进行转录组学数据分析时，你会发现两种数据 。一种被称为微阵列数据，另一种是通过下一代测序技术(NGS)获得的数据(例如，第二代测序，第三代测序) 。目录1 。微阵列:芯片数据2 。ngs(下一代测序)3 。rnaseq的应用原理:基于分子杂交技术，主要通过打印有荧光标记探针的基因芯片来实现 。
cDNA的直接测序 。NextGenerationSequencing (NGS) ， 也称为HighThroughputSequencing，是相对于传统的Sanger排序而言的 。RNASeq是转录组的测序和分析 。一般来说，在研究所里，会委托公司对数据进行测序，进行后续的信用分析(质量控制、图谱绘制、差异基因表达分析、SNV分析等 。).
2、NGSreads去重知多少在商务信函分析的学习初期，我们只需要贯穿数据分析的整个过程，还没有深入讨论数据的质量控制和相应的参数，但是随着学习的深入，必须注意一些细节(可能对结果有很大影响) 。例如，在比较之后，您是否需要复制BAM文件中的读数？原理:理论上 ， PCR扩增不同序列时，扩增次数应该是一样的 。但由于聚合酶的偏好性 ， 如果PCR扩增的次数太多，有些序列会继续扩增，而有些序列会在一定程度后不再扩增，这就是我们常说的PCR偏好性 。
另外，如果PCR扩增循环次数过多，会出现一些扩增偏差，进一步影响一些突变鉴定(如callSNP)的可信度 。对于大多数随机的数据库数据 ， 删除重复项是必要的，但一般没有必要研究特定区域的变化 。PCR数据库构建的作用是扩增该区域的信号 ， reads的序列信息是一样的 。主要目的是增加测序的读数，增加测序量，这是常规的实验概念，增加样本量，减少系统误差 。这个结果更接近真实情况 。
3、NGS数据过滤之Trimmomatic详细说明【ngs数据分析,NGS数据分析中merge data】tags:trimmaticngsfastqngs原始数据过滤对于后续分析非常重要，去除一些无用的序列也可以提高后续分析的精度和效率 。Trimmomatic是一款功能强大的数据过滤软件 。Trimmomatic发表的文章至今已被引用2810次，是Illumina平台的热门数据过滤工具 。来自其他平台的数据，如Irontorrent和PGM测序数据，可以通过fastx_toolkit和NGSQCtoolkit进行过滤 。
4、用泊松分布解释NGS测序数据的duplication问题duplicate是一个序列的多个副本 。以PE测序为例，用比较软件将测序的读数与参考基因组进行比较后，如果两对读数完全与参考基因组上的相同位置对齐，一对读数将被标记为重复 。我画了一个示意图:在图中，两对读A和B是重复的 ， 因为它们的序列完全相同 ， 我在这里解释一下，理论上，虽然片段A和片段B的序列在两端是完全相同的，但是我们不知道中间未测碱基的序列是否相同，可能相同也可能不同 。我们不知道，但是现在只有文库片段A/B两端的序列，所以只能根据现有的信息判断A/B是重复的 。

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