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indel分析,InDel分析

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Gatk4选择变体-从VCF文件中提取SNP和indel生成rawvcf后，提取SNP和indel以方便后续的分析 。Ncbi有一个conserveddomain的数据库，你可以和它比较一下，分析 subdomain，全基因组重测序生物学信息分析内容1，碱基总数，Totallymappedreads和Uniquelymappedreads的统计 ， 测序深度分析 。

1、全基因组重测序的生物信息 分析内容1 。碱基总数，Totallymappedreads，Uniquelymappedreads ， 测序深度分析 。2.用reference genome sequence分析进行一致序列组装比对，通过贝叶斯统计模型检测每个碱基位点的最大可能基因型 ， 组装出个体基因组的一致序列 。3.SNP检测及其在基因组中的分布 。提取全基因组所有多态性位点，结合质量值、测序深度、重复性等因素进一步筛?。?最终得到可靠的SNP数据集 。

4.Indel检测和基因组的分布，在作图过程中，比较容量差距，检测可信的ShortInDel 。在检测过程中，缺口长度为1~5个碱基 。5.结构变异的检测及其在基因组中的分布目前 ， SBC能检测的结构变异类型主要有插入、缺失、复制、倒位和易位 。根据测序的单个序列和参考基因组序列之间的比较结果，检测了全基因组水平的结构变异，并对检测到的变异进行了注释 。

2、在超算做生信 分析这么多软件，你可以通过模块的功能把这些工具的环境加载到你的账号里，提交计算 。我们使用商业NGS组装和比较工具Sentieon来演示整个过程:1 .获得一个超算的VPN账号，用HillstoneVPN工具登录；也可以根据实际计算需要编写一个执行脚本，然后通过yhbatch提交给计算节点 。yhbatch的作业提交步骤可以参考如下:Sentieon软件的特点 。该软件可以替代常规的分析工具(gatk 4/gatk 3.7/Picard 2 . 9 . 0/BWA 0 . 7 . 15 r 1140) 。在结果匹配的同时，它还具有以下突出特点:并行计算可以实现10–50倍的加速 。

3、对于一个基因,生物信息学 分析都要 分析什么?生物信息学分析:基因结构预测；功能注释；蛋白质结构预测(跨膜结构域、信号肽)；同源基因分析；亚细胞定位预测；启动子序列分析；调控靶基因的MiRNA预测 。楼主的问题太宽泛了 。请问你的具体问题是什么？您可以使用工具Biomart()来查找物种之间的亲缘关系以及各种类型的注释ID的直接对应关系 。你也可以使用ncbi中的同源基因数据库来寻找物种间的同源序列 。多重比对可以通过clustW或mega完成 。

PHYLIP似乎也能做到这一点 。有很多蛋白质结构预测软件可以做gc含量 ， 外显子大?。?剪接 ， 调控序列等等，但是我从来没有做过 。Ncbi有一个conserveddomain的数据库，你可以和它比较一下，分析 subdomain 。表达情况 。可以寻找相关的EST(ncbi)或array( 。这个我不记得了，ncbi上应该有别人的数据 。
4、GATK4SelectVariants——vcf文件提取SNP和 indel【indel分析,InDel分析】raw vcf生成后，提取SNP和indel便于后续分析 。Gatk4gVCF到VCF(jinshu . com)输入文件:错误:auserrororocured:selecttypeisnotrecognized选项，查了资料，不同版本的GATK提取SNP和indel的命令不同 。

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