vcf分析 _经验分享

vcf如何打开文件vcf文件中包含了手机通讯录的联系人信息，可以直接导入联系人列表。FST(遗传分化指数):用vcftools计算，snpRelate: PCA 分析 as在Pombe _ 65 _ 2dxm _菌株中，Passed _ SNPs _ Select1，vcf 。

1、FastqBAMVCF盛鑫分析的历程大致是:接收fastq，获得bam，然后vcfFASTQ 。文件是什么？通常人们取DNA碎片，碎片扫描的图片文件转换成文本文件，就是FASTQBAM文件。这是什么？将FASTQ文件与参考基因组进行比较后，我们得到SAM或BAM 。BAM是SAM的二进制。SAM是一个纯文本文件，非常庞大。
2、SNPRelate:对给定区域snp做PCA 分析【vcf分析】比如Pombe _ 65 _ 2dxm _ strains 。Passed _ SNPs _ Select1 ， vcf(gatk分析generatedvcffile)r package:GDSFMT 。Ggrepel从vcffile:cat pompe _ 65 _ 2d XM _ strains中选择特定区域的SNP位点， Passed _ SNPs _ Select1 。vcf| awk{ if(nr52 | |(NR > 1726

vcf分析

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