1.奶源不同 。有机奶源禁止使用任何化肥农药，不允许使用转基因种源 。相比之下，绿色食品和无公害食品允许限量使用化肥和农药，对转基因种源没有规定 。对有机奶源的空气质量、水质、光照时间都有严格要求 。
2.奶牛有不同的饲料 。有机牛吃的饲料必须是在无农药环境下生长的——不管是草还是谷物 。奶牛的饲料是有机牧草，不加任何化肥和农药 。禁止添加生长激素、饲料添加剂、抗生素等物质，其营养价值高于普通牧草 。
3.牛奶生产控制是不同的 。有机奶牛的生长过程符合生物自然规律 。有机奶牛必须吃草，并且只在哺乳期产奶 。
4.生成过程不同 。有机牛奶的生产中不允许使用激素或抗生素 。从奶源、生产过程到加工，整个产业链都有严格的要求 。杜绝任何化学成分的添加和环境污染，要求企业建立乳制品质量安全控制体系 。
【纯牛奶有机和无机的区别】蛋白质的含量主要取决于牛的品种、健康状况、营养状况、产奶期等因素，但与有机饲养没有必然关系 。畜产品蛋白质不高，有机饲养与否没有一定的规律可循 。所以有机纯牛奶和普通纯牛奶在营养成分上并没有太大的区别 。
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