显密二宗最大不同点，在以修持上之传承与仪轨 。显宗理论固然有师承传授，而修持法门不一定要严格之师承、仪轨；如瑜伽之五重唯识观，天台之大小止观，即无师承亦可自习 。反之，密宗之仪礼繁复，世界诸宗教中无出其右者，自初皈灌顶至金刚上师有一定之程序，不可躐等，与显教之简易方便迥异其趣 。就教义而言，显教为应身佛说法，密宗则以法身佛说法 。
依显教修行者，认为须经三大阿僧只劫，修六度万行始得证佛果；依密宗者，则认为仅修三密之妙行，现生即可成佛 。又有六大缘起之说，六大即地、水、火、风、空、识，此六大乃一切诸法之本体，能造一切佛，乃至一切众生之根身器界，即自性等四种法身，众生国土等三种世间，皆为六大所生 。依此六大缘起，故立生佛平等之义，大、三、法、羯等四种曼荼罗亦由六大缘起现法身德相 。众生若依三密妙行修持，契证性德时，即以父母所生身立证大觉位 。所谓“三密加持妙行”，即手结印契，口诵诸佛真言，心住三摩地 。如说修行时，行者之身口意能与诸佛之身口意相应，则可速得成佛 。诸佛之身口意，即大、三、法、羯等四种曼荼罗：大曼荼罗即诸佛之身密，三摩耶曼荼罗即意密，法曼荼罗即语密，羯磨曼荼罗即其余三曼荼罗之业用 。要之，四种曼荼罗具有诸佛之三密而不阙 。又此四种曼荼罗赅摄一切曼荼罗，依大日经建立之曼荼罗称为胎藏界曼荼罗，依金刚顶经建立之曼荼罗称为金刚界曼荼罗；前者表示本觉之理，故又称因曼荼罗；后者表示始觉之智，故又称果曼荼罗 。又对依余经所立之别尊曼荼罗而言，此金胎二部称为总德曼荼罗 。此外，一切佛菩萨等乃从大日如来法身所流出之别尊，各代表其别德，为一门之本尊，对于此，大日如来即是总德普门之本尊；一门之诸尊中，阿閦、宝生等四佛表大圆镜等四智；四佛又各有四菩萨，合为十六大菩萨，与四波罗蜜、四摄、八供等，计三十七尊，凡此皆不外从大日法界体性智流出者 。行者若常以白净之信心，自住金刚萨埵三昧，修五相成身等妙行，即现得契证佛智，圆满佛身，成就利他事业 。
本宗又依大日经、菩提心论等创立十住心之说，从异生羝羊心至极无自性心等九心为世间、出世间、小乘、大乘、二乘、一乘等之住心，第十秘密庄严心即真言密宗之住心 。亦即本宗以凡圣不二为宗要，一尘一法皆住本初之智源，悉为三摩地之心地故，虽上根胜慧之人，起居动作、开口发声、心思念想，皆成无相三密；而下根劣慧之机，依有相之三密门，能与三部诸尊之德相应，以现在身证佛菩提 。
要言之，本宗思想之特质，自教主方面观之，显教为应化之释迦所说，本宗为法身佛之大日如来所说；自法身立场观之，显教法身为理体，理体法身无形无相，密宗法身有形有相，且能说法；自所说法观之，三论宗八不之中道寂灭境界、法相之离言胜义谛境界、天台之一念三千不可思议境界、华严之性海果分不可说十佛境界等皆毕竟可说；自真理之表现观之，一切诸法皆是真理象征，此种象征之具体表现，即密宗之仪轨；自成佛迟速观之，除禅宗外，其余诸宗均须经三阿僧只劫，密宗则主张即身成佛；自宗教之立场观之，密宗两部曼荼罗表现以人格主义思想为基础之世界观，由无量无数之诸佛菩萨，构成一即一切、一切即一之轮圆具足之世界；自教义体系观之，密宗为一种“理智不二”之宇宙人生观，大日如来即具此伟大人格，智法身之世界称为金刚界，理法身之世界称为胎藏界 。由修持之力，可将智之世界扩大至与理之世界一致，此即理智不二 。
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