在有些情况下，病毒、细菌、辐射或化学物质会破坏父母双方或一方的染色体，影响胎儿的正常发育 ， 从而造成畸形 。导致胎儿畸形的因素几乎数不胜数——母亲在怀孕期间患的各种疾病，服用的各种药物以及接触的各种有毒物质都有可能导致胎儿畸形 。尽管在绝大多数病例中尚无法确认造成畸形的具体因素，然而 ， 人们已知的可能导致胎儿畸形的药物，化学物质和细菌的种类正在不断增多 。
只要孕妇在孕期的某个关键阶段经常接触某种因素(当然，胎儿是间接接触)，这种因素就可能是造成胎儿畸形的特定原因 。一般说来，怀孕的头3个月是胎儿发育的关健阶段 。到这3个月结束时 ， 胎儿虽然还小 ， 但身体各部位已经发育完成 。例如，一位妇女如在怀孕的前3个月内患了风疹 ， 她生下的孩子就可能畸形 。母亲在这3个月后患风疹一般不会危害胎儿 。
造成胎儿畸形的最惊人和恶名最大的药物 ， 莫过于酞胺哌啶酮 。50年代末和60年代初，许多孕妇都服用过这种表面上“安全”的镇静或抗恶心药物，结果使数以万计的婴儿一出生就身体畸形，四肢缺损或患有其他特殊的异常 。“酞胺哌啶酮患儿”一般表现为缺肢畸形，即四肢极短或完全没有四肢，手足直接与躯干相连 。
酒精的危害虽然不像酞胺哌啶酮那样惊人和恶名远扬，但是，在现代生活里，它可能是使用得最频繁的造成胎儿畸形的物质 。人们发现，啤酒、葡萄酒和其他各种酒类所含的乙醇能够致癌 ， 引起身体异变和造成产儿有缺陷 。孕妇饮酒过量，所生的孩子便可能患眙儿酒精综合征(酒精胚胎病) 。迄今为止 ， 这种综合征是人类中最常见的造成胎儿畸形的损害，其程度从轻度到重度不等，所造成的后果包括胎儿和婴儿发育不良、脑损伤、弱智、多动症、面部畸形和心力衰竭 。
孕早期易致胎儿畸形的不良习惯
体温升高
发热是常见的致畸因素 。热度越高，持续越久，致畸性越强 。因此，早孕期要注意冷暖 ， 避免接触发热患者，少去空气不洁、人员拥挤的公共场所等，尽量避免患发热性疾病 。发热的致畸性常超过病源 。例如细菌性感染 ， 细菌常不致畸而发热致畸 。一旦发烧应马上去医院及早降温治疗 。
其它造成体温升高的问题，如高温作业、桑那浴、热盆浴等均不适于早孕妇(孕妇食品)女，孕早期均应避免 。
烟酒
吸烟或被动吸烟都会影响胎儿发育 。目前虽未见明显引起胎儿畸形的病例 ， 但造成出生低体重儿、发育迟缓儿极常见 。如果烟、酒持久刺激直到儿童(儿童食品)期，亦将影响其成年后的身体 。因此孕妇本人不吸烟，也要回避受烟污染的环境 。人人均应注意公共道德，不在公共场所吸烟，以免伤害他人和后代 。
酒精是公认的致畸物 。酗酒的丈夫精子质量可能受影响 。孕妇饮酒胎儿致畸率极高，酒精综合征患儿多处畸形、发育迟缓及智力低下 。因此孕期，尤其早孕期应绝对忌酒 。如果月经过期，虽尚未诊断妊娠，也忌酒观察 。
滥用药
孕期生病必须治疗，但不得滥用药物，因有些药物对胎儿发育有不良影响 。因此有病要请医生治疗，无论得的是什么疾?。?均应向医生说明自己已经怀孕，以便医生治疗中注意选择药物 。
先兆流产盲目保胎
先兆流产有时是胎儿发育不良的预报 。因此保胎要注意寻找流产原因，如以母亲因素为主 ， 常见外伤、子宫有肌瘤或子宫畸形、有内分泌失调史等因素，可以积极保胎 。如果考虑为胎儿因素，则不应积极保胎，以免保住异常儿 。时常在原因不明情况下流产治愈，仍应仔细观察胎儿发育 ， 以便及时发现异常 。
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