彝族，是云南省人口第一大少数民族，因创造了名扬世界的“彝族十月太阳历”而被称为“太阳民族” 。彝族医药历史源远流长，其发展历史可追溯到5000年前，即原始社会时期 ， 彝族的医药就已萌芽，彝医药发源于南诏大理医药学，同时吸收了中医学、印度医学和波斯医学的精华 。彝族医药理论主要由“三气”理论、“哎哺”学说、五行学说、二气六路学说，彝医以用酒作药为特色 。博物馆对这些内容都进行了详细的展示，藏有毕摩经译著全套、彝族古籍译著（《医药好药书》《医病书》等）、彝族医药的现代文献和药材 。
特别值得一提的是，在博物馆云南民族药标准展厅展示了云南省境内少数民族习用的近400种药材，其中部分是《云南省中药材标准》彝药、傣药的标准药材 。另外，博物馆对于藏族、纳西族、苗族、瑶族等云南其他少数民族也进行了详细的展示 。
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