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基因集富集分析gsea,基因本体论富集分析

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【基因集富集分析gsea,基因本体论富集分析】背景介绍最著名的马克基因-3/方法是基因set富集-3/(GSEA) 。差的统计假设基因Path富集-3/以及对P值的理解富集-3/(geneset enrichment分析，全称GSVA) 。

1、关于GSEA 富集结果条目数一跑一变的迷思和恍然大悟当情况只发生在自己身上时，归因于运气和自己的无知；同样的情况发生在别人身上 ， 归结起来就是常见的客观原因，比如网速慢 ， 电脑不好；当伟大的互联网告诉你，更多的人遇到了同样的困惑，他们最终转向科学，责怪无知 。无知当然是他们自己的无知 。做jimmy布置的作业:比较Gorilla，clusterPro，用GSEA方法得到的结果如下 。65项，10项，好像还有0项 ， 但是没有截图 。当时的想法是这样的:毕竟日常网络不好，总天真的以为5G来了一切都解决了 。

2、GSEA 分析是个什么鬼GSEA，基因probe富集分析 ， 其基于对来自微阵列的数据的评估 。GSEA的原始版本用于糖尿病患者和正常人的肌肉活检数据 。分析显示部分基因涉及糖尿病患者氧化磷酸化的减弱，其他独立的微阵列研究和体内功能研究也证实了这一结果 。GSEA的使用方法是用户利用发表在权威刊物上的相关生物学途径和实验获得的共表达数据对基因探针进行分类，根据相关性通过一系列计算 ， 得出探针集是否能揭示相关基因群体在表型上的分布模式 。

/Image-3/GSEA(geneset enrichment Analysis)基因 Set富集分析是一种计算方法，可以确定一个预定义的基因Set(如一个Gothem或一个Gothem) 。GSEA主要有三个步骤:最近在做GSEA 分析但是直接从R包得到的GSEA的图实在是太丑了，所以我决定自己重画GSEA的图 。

3、免疫浸润 分析方法肿瘤不是简单的恶性细胞群，而是由不同类型细胞组成的复杂生态系统 。在这些细胞中，肿瘤浸润性免疫细胞在肿瘤控制和治疗反应中起核心作用 。例如 ， 细胞毒性CD8 T细胞是抗癌免疫的主要效应细胞，因为它们可以特异性识别和杀伤携带新抗原的肿瘤细胞 。肿瘤特异性抗原主要来源于突变基因的表达 。然而，免疫细胞，如调节性T细胞，也可以发挥免疫抑制作用，并支持肿瘤发生和免疫逃逸 。

背景介绍最著名的马克基因-3/方法是基因set富集-3/(GSEA) 。富集的分数是通过基于GSEA的方法计算的 。当某种细胞类型的特异性基因在感兴趣的样品中处于高表达的前几名时，它在其他情况下处于低表达的前几名，得分较高 。基于GSEA的方法只能计算样本中细胞类型富集的半定量得分，而反卷积方法可以定量估计感兴趣细胞类型的相对得分 。

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