锐客网

  1. 首页 > 睿知 > >

go富集分析网站,差异基因go富集分析

经验分享睿知

【go富集分析网站,差异基因go富集分析】单细胞富集 分析-3:Go和KEGG 富集 分析和绘制单细胞富集分析 。我通常使用分组GSVA，但我最近使用GO 分析，所以我将复习GO和KEGG 富集 分析，以及绘图，RNA-Seq(9富集-2/最广为人知的方法是将上调和下调的基因分离或组合，制成GO和Kegg富集-2/ 。

1、下载GO/KEGG某一pathway的genelistreference网站R获取指定GOerm和KEGGpathway的genelist基因集合 。在使用R进行基因本体(Go)的过程中如何导出一个特定Go条目下的所有基因富集分析可以去KEGG官网复制然后单独提取Goerm的样本 。

2、转录组不求人系列(十三当富集 分析完成后，可以画出下面的分析结果 。富集 分析结果的可视化无非就是柱状图和气泡图，但是公司默认的绘图确实很丑，还是要自己修改 。1.常规直方图(ggplot2)的横轴是genecounts ， 或者用logP也可以，填入对应的P值或genecounts 。ggplot画图的好处是可以做很多调整 。

一种使用geom_bar()函数，气泡图类似于散点图使用geom_point()函数 。三、上下同时显示(ggplot2)很多时候，研究人员得到差异基因后，上下基因分别为富集，需要在显示中同时反映出来 。前面提到过，metascape可以做:转录组不求人系列(12):最喜欢的差异基因GO，KEGG 富集 分析细胞文章中用到的工具 。此外，前面提到的气泡图还可以显示多组结果:naturecommunications (4): gg的图表再现 。

3、RNA-Seq(9最广为人知的富集 分析方法是将上调和下调的基因分离或组合，使GO和KEGG 富集 分析 。往往有一些数据集，使用差异基因无法得出结果 。那是因为富集没有任何通路，这很正常 。试试GSEA，不是取不同的基因，而是取所有的基因作为输入 。GSEA和GO的区别，KEGG 分析: GO，KEGG 分析更多的是依赖于不同的基因，但实际上对于某些基因是分析(忽略差异不显著的基因)，而GSEA是从所有基因的表达矩阵中找出协同差异的 。所以差异不大的基因GO可以考虑 ， KEGG 富集是定性的分析，GSEA考虑了表达或其他测量水平的影响 。

4、topGO:大概是致力于GO 分析方法论的R包topGO的设计目的是实现GOterm的半自动富集-2/ 。主要优点之一是它提供了一个统一的基因集检测框架 。下一步就是扩大这个主要优势 。除此之外 ， 还句型可以轻松完成GO 富集 分析，轻松进行新的统计测试或新的算法，比较不同的GO 富集 research方法 。

    推荐阅读


    上一篇：如何用频谱分析仪分析,频谱分析仪对信号的什么进行分析

    下一篇：高德分析报告,高德地图2016车主分析报告