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deseq分析差异表达基因,差异表达的基因做WGCNA分析

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差异表达基因筛选:使用差异表达分析deseq 2、edgeR等工具 。比较了两个品种间的基因 表达数量差异，筛选出差异 表达，基因差异表达分析Cummerbund和DESeq，差异表达基因分析概念篇差异表达分析:差异差分yexpressedgene(DEG):差异表达基因火山图:火山图foldchange翻译为多次变化，假设A基因 。

1、两个不同水稻品种里面 差异 表达的 基因怎么筛选要在两个不同的水稻品种之间进行筛选差异表达基因，可以使用转录组分析技术 。以下是一些可能的步骤:RNA提取:可以从两种不同品种的水稻中提取RNA，使用商业RNA提取试剂盒或自己制备RNA提取试剂 。RNA测序:可以对RNA进行测序，利用RNA测序技术，如IlluminaHiSeq或PacBioSMRT，可以获得完整的基因 group覆盖的转录本序列 。

转录物定量:使用基因 group注释文件将RNA序列与参考基因 group进行比较 ， 以进行转录物定量 。可以使用一些开源工具如Kallisto、Salmon等 。差异表达基因筛选:使用差异表达分析deseq 2、edgeR等工具 。比较了两个品种间的基因 表达数量差异，筛选出差异 表达 。函数注释:在差异表达基因上做函数注释，比如基因ontology分析，KEGG频道- 。

2、转录组 分析5—— 差异 表达 分析现在常用基因定量方法有:RPM、RPKM、FPKM、TPM 。这些表达数量之间的主要区别在于 ， 转录物丰度的数值表示是由不同的标准化方法提供的 ， 以便于后续的差异-4/ 。标准化的主要目的是去除测序数据的技术偏差:测序深度和基因长度 。测序深度:同等条件下 ， 测序深度越深，读取基因 表达的读数越多 。基因 Length:相同条件下，不同长度的基因产生不相等的读读数 。基因越长，则基因的读取读数越高 。

3、RNA-Seq 差异 表达 分析-扩展综述及新工具了解不同生物在不同条件下的表型的关键差异是在不同条件下确定差异-2基因(degs) 。转录高通量测序(RNASeq)是研究当前问题的主要策略 。因此，近年来开发了差异 分析利用RNASeq数据的方法和软件 。但是一直没有人考虑最适合做RNASeq数据的差异-4/的流水线 。最近来自联邦理工大学，
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