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mapq结果分析

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部分对sam格式的简单理解转自微信官方账号菜鸟群 。SAM的全称是sequencealignment/mapformat，Samtoolsview使用摘要samtools是操纵sam/bam文件的常用工具，其中samtoolsview命令可以实现查看序列、转换sambam文件、过滤序列等功能 。

1、SAM/BAM格式文件内容解析具体可参考:allelespecificexpression (ASE)数据是以下几点的基础分析 。它可用于识别印迹基因，研究蛋白质的截短变异和量化顺式对遗传变异的影响 。虽然下游分析有多种形式，但第一步始终是获取ASE数据 。在最基本的水平上，ASE数据是从RNAseq读取的杂合子的SNP位点产生的，并且读取可以根据它们的序列进行分型 。
【mapq结果分析】
这里整理一下工具PHASER(PHASER(phasingandASEfromRNAseq)的具体用法 。该软件可以获得所有等位基因单倍型的可靠表达水平 。软件作者知道这是生成ASE数据的黄金标准，得到的数据可以用于任何感兴趣的下游分析 。PhASER在Python2.7.x中运行 ， 依赖于以下包:SciPy、NumPy、samtools、

2、在使用samtools这个软件的时候,其中mpileup与sort是什么意思啊1，sortsort对bam文件进行排序 。用法:SamtoolsotSam(序列比对/图谱格式)格式 ， 即序列比对文件的格式 。本文详细介绍了文档:文件由两部分组成，头区和主区，两部分都是用tab键列出的 。头区:以 @ 开头，反映比较的一些大概信息 。例如 ， 比较的SAM格式版本、比较的参考序列、比较中使用的软件等 。正文区:比较结果，每个比较结果为一行 ， 有11个主列和一个可选列 。

随着AB/SOLiDandRoche/454测序技术的不断进步，产生了各种各样的比对工具 ， 用于高效地将读数与参考基因组进行比对 。由于这些比对工具产生的文件格式不同，下游分析的难度更大，因此一个通用的格式可以提供一个很好的接口，用于链接与下游分析(组装、变异、基因分型等)的比对 。).于是，SAM格式应运而生 ， 这是一种主要用来存储测序读数和参考序列的比较结果的文件格式 。以TAB为分隔符，SAM格式支持不同平台的短读和长读(最长128Mbp) 。

3、sam格式的简单了解微信官方账号中SAM的全名 ， 部分转自盛鑫菜鸟群，是sequencealignment/mapformat 。而BAM是SAM的二进制文件(b来自二进制) 。SAM格式主要包括两部分:1 .headersection)2 。alignmentsection)SAM格式用于支持高通量测序数据分析:(1):快速找到与坐标重叠的比对 。

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