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wgcna如何分析lncrna,单细胞wgcna分析

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春生信分析系列免疫signaturegene分析Ideas最近很多客户想看10 的方案 。由于客户项目还在保密期，可以给大家看一下第一版方案 ， 秀秀?。琖GCNA (1): R包安装和数据导入清理(jinshu . com)WG CNA(2a):一步建网和模块检测(jinshu . com)WG CNA(2b):一步建网和模块检测(jianshu.com)参考资料或官方手册:导入初步数据，这里我选择一步建网的结果，大家可以按照自己的 。

1、WGCNA(3数据导入和网络构建在上一篇文章中已经完成 。以下是将基因模块与性状关联起来，从而识别与表型相关的重要基因 。WGCNA (1): R包安装和数据导入清理(jinshu . com)WG CNA(2a):一步建网和模块检测(jinshu . com)WG CNA(2b):一步建网和模块检测(jianshu.com)参考资料或官方手册:导入初步数据，这里我选择一步建网的结果，大家可以按照自己的 。

2、WGCNA(2a上一篇文章整理了表达数据和表型数据 ， 本文将进行网络构建和模块检测 。WGCNA (1): R包安装和数据导入清理(jianshu.com)参考资料或官方说明:这一步是所有网络分析使用WGCNA的基础 ， 有三种方法:a .便捷的一步建网和模块检测功能，b .分步方法；c .自动基于块的网络构建和模块检测方法适用于大数据集 。通常我们用一步法，这里只展示一步法的施工过程 。如果需要其他方法，可以去官方查说明书 。

软阈值计算结果可视化的核心就在这一步，将输入表达式矩阵的上千个基因组分类成几十个模块 。大致思路:计算基因之间的邻接关系，根据邻接关系计算基因之间的相似度，然后推导出基因之间的相异系数，并据此得到基因之间的系统聚类树 。然后按照标准的混合动态切割树 。错误，无法分配大小为638.4Mb的vector，我调整了分配给R的内存，还是不行 。可能是Windows内存不够 ， 我就换成了Linux下的R 。
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3、2021-08-19WGCNA确定目标模块后如何找模块内的hubgene要想找到hubgene，首先要了解它的概念:网络核心的点(基因) 。在WGCNA中，由于无标度处理，少数基因(图中红点)与许多基因相连，而其他大部分基因不相连，即hubgene在同一网络中具有更高的连通性或度 。但抛开网络本身，如果有先验信息，比如知道某个基因有重要功能，也应该作为hubgene在网络中重点关注 。

因为加权共表达网络在数值上测量点对点相关性，所以网络中的一个点的连通性等同于与所有其他点的相关性的总和 。在WGCNA中，网络被分成不同的模块，因此连接性可以分为整个网络的kTotal和模块的kWithin 。KTotal:网络中一个基因和所有其他基因通过边连接的度数之和 。KWithin:一个基因和所有其他基因在同一个模块中通过边连接的次数之和 。

WGCNA的4、WGCNA 分析为什么有的数据能 分析出结果有的 分析不出来因为分析有一定要求，硬性要求是至少需要15个样本，建议20个以上 。如果少于15个样本 ， 则分析无结果 。样本越少，网络的噪声越大 ， 样本越多，网络越健壮 。WGCNA的分析的基础是基于表达式矩阵构造无标度网络，然后基于network 分析的一些理论和算法进行 。分析结果的关键在于能否构建出符合要求的无标度网络 。

5、Rpackage:WGCNA加权基因共表达网络的构建与 分析加载WGCNA包时，会发现有些包没有安装 。您需要手动安装它们 。将多线程sft作为列表打开 。SFT 。R.sq是R2sft $ fitIndices是幂的列 。如果是正数，sign函数返回1，如果是负数 ， 返回1，如果是0，返回0 。左图显示了R2随候选β值的变化趋势 ， 右图显示了每个候选β值的平均连通性 。mergeCutHeight越大 ， 模块数量越少 。
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