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富集分析定义,土壤表层富集定义

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分析| GO 富集 分析从我来群开始就一直听到GO富集分析这几个字 。富集 分析包括超几何分布和GSEA 分析，很多人解释的比较清楚，比如GO 分析学习笔记，庚的基因表达分析(中)富集 分析，转录组导论(8): ， Go富集分析Go富集是组学数据分析的常用手段 ， 通常用于挖掘差异基因中GOterm的富集度 。
基因集富集分析(geneset enrichment Analysis，GSEA)的基本思想是利用pre-定义基因集(通常来自功能注释或以往实验的结果)根据两类样本的差异表达程度对基因进行排序 ， 然后检查预设的基因集是否在这里 。基因集合富集 分析检测基因集合而不是单个基因的表达变化，因此可以将这些细微的表达变化包含在内，期待更理想的结果 。1、差异基因通路 富集 分析的统计学假设和关于p值的理解富集分析(基因富集分析，GSEA)的基本思想是，如果一个生物过程在当前的研究中出现异常 ， 那么协同工作的基因被选为与该过程相关的基因集是大概率事件 。分析比较一个通路中的富集概率[过表达的差异基因集]与总基因集中的富集概率[随机选择的同数基因集]是否有显著差异 。如果存在显著差异，则认为该途径在当前研究中 。
富集 分析可以用来解读一组基因背后的生物学知识，揭示它们在细胞内或细胞外起什么作用 。超几何分布是统计学中的一种离散分布，它描述了从有限总体中抽取的N个样本数和成功抽取的某一特定类型的样本数 。它是生物信息学中常用的统计分布模型 。富集 分析该模型用于检验某一通路中出现的一组基因的显著性 。在概率论中 ， 超几何分布是一种离散的概率分布模型，广泛应用于产品检验和随机抽样 。
2、非模式生物GO、KEGG 富集 分析GO，KEGG 富集 分析是我们生活写作中常用的部分分析，可以把基因和功能联系起来 。GO指的是基因本体论，是基因功能的国际标准分类体系 。目的是建立一个适用于各种物种，定义和描述基因和蛋白质功能，并能随着研究的深入而更新的语言词汇标准 。GO分为三个部分:分子功能(MF)、生物过程(BP)和细胞成分(CC) 。
【富集分析定义,土壤表层富集定义】
3、RNA-seq(9# # # # # # # # # # # # -0/的统计基础是超几何分布 。简单来说，根据下面的Fisherexacttest公式，为每个GO或KEGGterm计算一个p(M/K)Diseaseontology(DO)就是从疾病的角度来注释基因 。DO对于高通量测序结果向临床对应的转化非常重要 。剂量包提供了DOterms与gene 分析的语义相似性，为生物学家探索疾病与基因功能的相似性提供了更大的可能性 。富集 分析包括超几何分布和GSEA 分析 。先来了解一下DOSE package提供的基因语义相似度评估的五种方法，两个富集-2/methods:超几何分布和GSEA，疾病和基因集合的比较方法 。

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