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转录组 怎么分析

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转录Group分析怎么说基因对应对应payhway转录Group分析把基因和代谢途径联系起来是很常见的分析 。转录group分析是指单元格分析中所有转录产品的集合，那么如何将代谢组学与转录group分析？如何转录分组数据分析？什么是转录group分析group分析including分析编码基因，翻译蛋白质的预测，外显子内含子的拼接，。

1、pacbio三代全长 转录组数据 分析流程1)ROI了解过三代测序数据分析的人，对CCS循环共有序列的概念肯定很熟悉 。在isoseq中，提出了一个比CCS更灵活的概念:ROIROI ， 全称readsofinsert，可以理解为插入片段 。先看下三代测序文库构建阶段的reads示意图:对于上述文库片段，测序产生的reads 。如果插入片段的正链和负链被测量一次，则为全通过；对于CCS，至少需要两次全通 。
【转录组 怎么分析】
对于短的插入片段，这样定义CCS当然没问题，但是对于全长的转录 book来说转录 book的长度很长，比如转录 book的长度是1kb，reads长度是3kb 。此时，它在零模波导孔(ZMW)中被排序 。为了解决这个问题，提高reads的利用率，提出了ROI的概念，ROI是指插入的片段 。上图中测序读取生成的ROI如下:ROI不是 。

2、 转录组 分析入门1——背景知识mRNA:最常见的转录组测序 ， 一般选择200300bp片段进行数据库构建 ， microRNA测序采用PE150或125: microRNA分离后直接测序，IncRNA:长链非编码RNA ， 包括正向和反向-0，需要建立链特异性数据库【关于链特异性数据库:功能是保留/125的方向信息

3、 转录组 分析时怎么讲基因对应到相应的payhwayIn转录Group分析，是将基因与代谢途径相关联的非常常见的方法之一分析 。通常，可以使用一些基因注释软件来注释基因到相关的代谢途径，如Kobas(keggorthologybasedan notation system)或David (Database Forannotation ， Visualization and Integrated discovere) 。

具体来说,分析的过程可以如下:对转录的数据进行注释，得到基因的ID；利用基因注释软件对基因本体和KEGG途径上的基因ID进行注释；根据pathway enrichment 分析的结果，确定与代谢途径相关的基因，从而确定代谢途径中差异表达基因的集合；进而对这些差异表达基因集分析进行拓扑结构分析，探究哪些基因在代谢途径中起关键作用，哪些基因起次要作用 。

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