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cog分析

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在转录组测序分析中，组装后得到了unigene在NR、SWISSPROTCOGgOkegg等文库中的注释 。宏基因组 元转录组分析 Tool:利用这种方法，HUMAnNCurtisHuttenhower团队专门研究了口腔宏基因组和粪便宏基因组的关系[2]，群体遗传分析-LD连锁不平衡当一个基因座的特定等位基因和另一个基因座的等位基因同时出现的概率大于群体中随机分布的两个等位基因同时出现的概率时，称这两个基因座处于连锁不平衡状态 。
【cog分析】
1、在转录组测序 分析中,对于没有参考基因组信息的序列怎样进行注释,差异...如果没有参照基因，拼接！组装后得到unigene在NR、SWISSPROTCOGgOkegg等库中的注释 。转录物是通过切割基因序列获得的功能RNA 。过去，转录物都是表达蛋白质 。现在对LncRNA的研究很多，也是转录本 。没有参考基因组序列，所以一般不可能注释GO函数 。因为你去功能评论的时候应该有背景 。

2、宏基因组 宏转录组 分析工具:HUMAnNimage-2/CurtisHuttenhower团队用这种方法研究了口腔宏基因组和粪便宏基因组的关系[2] 。这项研究于2014年发表在PNAS，他们发现:1)冷冻、乙醇和RNAlater三种保存条件下的微生物群落、宏基因组和元转录组高度一致 。不同的保存方法对标本中的生物信息影响不大 。2)能进入肠道并存活的口腔微生物数量很少 ， 转录活性也很低 。

3、群体遗传 分析—LD连锁不平衡当一个基因座的某个特定等位基因和另一个基因座的某个等位基因同时出现的概率大于群体中随机分布的两个等位基因同时出现的概率时，称这两个基因座处于连锁不平衡状态 。d是LD(连锁不平衡)的基本单位，衡量观察到的单体型频率与平衡时预期频率之间的偏差 。虽然D可以很好地表达LD的基本含义 ， 但它不适合表达实际的LD强度 ， 尤其不适合用于不同研究中LD值的比较 ， 因为它严格依赖于等位基因频率 。
LD的计算方法如下:1 。有两个基因座(A，B)，等位基因为A，A，B and B，分别对应人群中的频率f(a)，f(A)，f (b)，f(B)，2.两个基因座有aB ， ab，AB，Ab四种单倍型 ， 对应频率f(AB当Dab≠0时，处于连锁不平衡状态 。

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