锐客网

  1. 首页 > 睿知 > >

多序列比对结果分析,jalview序列比对结果分析

经验分享睿知

多个Sanger测序结果和多个序列比对结果的可视化很快就要结束了 。为了输出multi 序列比较结果 ， 我们隐藏了不必要的信息，然后尽可能漂亮地显示序列比较结果，gene序列Comparison分析？基因多重性序列比较是什么意思？就是比较三个以上的基因序列，序列一端比较不代表什么序列比对是比较两个或两个以上DNA或RNA相似性的方法序列 。

1、在进行实际的多重 序列比对时,常采用什么样的策略在实际的倍数序列比较中，常用的策略如下:文献中经常见到手动比较法 。因为不可避免的会加入一些主观因素，人工对比通常被认为是很随意的 。事实上，即使用计算机程序进行自动比对，结果的片面性也是不容忽视的 。应该说 ， 在运行可靠性高的被测计算机程序的基础上，结合实验结果或文献数据，对multi-序列 comparison的结果进行人工修改是非常必要的 。

对密切相关的序列进行加权，然后从最接近的两个序列开始逐渐引入相邻的序列，不断重构比较 ， 直到所有序列相加 。根据距离策略的不同 ， 主要的算法有FengDoolittle算法及其改进包 ， 如CLUSTERW、Multal和Pileup 。同步法是同时比较所有序列 。首先，确定一个目标函数 ， 使目标函数反映每个multi 序列 comparison的质量 。

2、Jalview使用方法(1可以导入你的fasta格式序列，还有很多其他格式，你可以选择 。序列加载后出现的屏幕 。底部是一些评论 ， 你可以选择删除或保留 。选择完所有序列后，将启动序列比较，并选择相应的比较算法 。我在这里选择muscle方法，这是默认参数 。为了输出multi 序列比较结果，我们隐藏了不必要的信息 ， 然后尽可能漂亮地显示序列比较结果 。
【多序列比对结果分析,jalview序列比对结果分析】
3、 序列比对及算法模式的选择 Select 序列比较法:肌肉或ClustalW 。ClustalW的基本原理是先做序列的成对比较，根据这种成对比较计算成对距离矩阵 ， 这是一种经典的比较方法 ， 应用非常广泛 。肌肉的作用仅限于multi 序列 comparison，它最大的优势是速度，比ClustalW快几个数量级，越是序列 comparison，速度上的差距越大 。可以通过点击图顶部或底部的图标“w”和“Muscle”来选择方法 。

    推荐阅读


    上一篇：sql查询分析器用户表,SQL查询分析器在哪里

    下一篇：京瓷2010复印时显示扫描中,京瓷2010一体机驱动精灵装上驱动了，但是在电脑上显