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分析差异表达基因为0,差异表达的基因做WGCNA分析

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mouse基因group 差异基因分析，使用GEO2R表达基因 。可以在表达基因差异分析中使用 ， 转录组分析5 ——/ -2/表达分析现在常用的基因定量方法有:RPM ， A:组中样本有个体/10，这个差异影响整体基因-1差异比较大(噪音基因现有)，建议检查一下-2 。
1、重磅干货:转录组 分析好多问【分析差异表达基因为0,差异表达的基因做WGCNA分析】随着测序技术的快速发展和测序成本的不断降低，转录组测序分析已经成为生物和医学研究中最不可或缺的技术手段 。不过对于大多数新手来说，偶尔还是会给你带来一些小麻烦 。为了节省宝贵的时间，我整理了一些常见问题或者分析经验 ， 供大家参考~1 。问:如何获得样本聚类和相关性？答:利用样本的fpkm值，默认用最长距离法(完全)计算样本间的欧氏距离，计算方式为spearman相关系数(Spearman)，从而得到样本间的相关得分和聚类结果 。

2.问:为什么一组性能趋势相同的样本聚类很差？答:群内有个人差异，其中差异影响整体基因表达差异比较大(噪音 3 。问:聚类好的分组，为什么组间比较少差异 基因？答:样本室差异很小 ， 实验性处理没有导致更大的基因-1/level差异；默认的差异 基因筛选条件比较严格 ， 在这种情况下可以适当放宽筛选门槛(比如原来三个样本的HTSeqcount的数据可以在我的GitHub中找到 ， 但是前面提到Jimmy的失误让我们分析只剩下三个样本 ， 另一个样本需要从另一个中抽取 。我一直相信“你不是一个人”这句话 ， 遇到这种情况的肯定不止我一个，所以我找了几个解决方法，后面会介绍，但是我们DESeq2要有重复的问题急需解决，所以我得自己补 。

我这样编的 。这只是一种填坑的方法 。更好的模拟数据的方法需要参考更专业的文献，希望在有生之年补上这部分 。这部分内容最早见于RNASeqDataAnalysis的8.5.3节 。刚开始完全不懂，但是学了生物统计学之后觉得对所有差异基因表达-3/R包都是可以理解的 。
2、小鼠 基因组差异 基因 分析,这5分 的也太简单了吧!Integrated bio informatic analysis揭示的生物过程和免疫细胞简化的自身免疫性肝炎综合生物信息学分析揭示了自身免疫性肝炎相关的生物过程和免疫细胞 。期刊:jcellphysiology出版日期:2021Feb17影响因子:5.546DOI:10.1002/jcp.30246 1 。背景:自身免疫性肝炎(AIH)是一种免疫介导的肝细胞破坏疾病 ， 以慢性肝脏炎症、界面性肝炎、血清免疫球蛋白γ升高和产生非器官特异性自身抗体为特征 。

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