Scanpy- 轨迹推论/准时间序列分析什么是准时间序列分析？NBIS系列单细胞转录组数据分析实战(8)在本教程中，我们将学习如何通过准时间序列推断细胞分化-2轨迹 。伪时间分析，又称细胞轨迹(细胞轨迹)分析 ， 通过伪时间分析，我们可以推断细胞在发育过程中的分化情况 。
1、NVIDIATeslaK80GPU如何助力 分析打结蛋白质的折叠过程?蓝海大脑人工智能液冷服务器研究人员表示:在通过马尔可夫模型研究打结蛋白质的变化路径过程中，需要在初始路径附近和可行域空间内对大量可能的初始构象进行采样 。只有足够多的分子构象才能给分析 process带来可靠的信息，而传统的基于CPU的分子动力学模拟非常耗时 。并行效率低，得到的构象不足以用马尔可夫模型分析进行 。我们用NVIDIA的TESLAK80GPU加速了这个采样过程，实现了分布式加速 。
提取并执行概率最大的三叶结蛋白扩展轨迹-2/ 。通过处理蛋白质的接触图，三叶结，基于Gromos方法使用聚类 分析获得最可能的构象 。基于NVIDIAKepler架构的K80拥有两个GK210GPU，为分子动力学模拟提供强大稳定的计算能力 。这个过程是通过开源软件GROMACS实现的 。
2、实验记录10:用Monocle进行伪时间 分析【轨迹聚类分析,聚类分析spss步骤】本文主要讨论将修拉对象直接导入Monocle的可行性分析，分为两种情况:①数据清洗、标准化后导入的修拉对象和聚类 ②不做任何处理导入的修拉对象 。下面简单介绍一下Monocle包，然后在这两种情况下做一个尝试 。为什么要尝试这两种情况？【简介】Monocle介绍了单细胞轨迹 分析使用RNASeq的策略，可以将细胞按照模拟的时间顺序排列，显示其发育轨迹细胞分化等生物过程 。
无监督:使用Monocle自带的一套工具或者Seurat生成基因列表半监督:通过自身的知识积累，人工输入一些被认为重要的基因 。Monocle并没有通过实验将细胞净化成离散的状态，而是使用算法来学习每个细胞作为动态生物过程的一部分必须经历的基因表达变化的序列 。一旦知道了整个“轨迹”的基因表达变化 ， Monocle就可以把每个细胞放在轨迹中合适的位置 。
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