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生信常用的linux命令 生信 linux

命令IT技术

linux常用命令linux常用命令如下：
1、查看内核版本：uname -a 。
2、控制台-》图形界面：init 5或者startx 。
3、图形界面-》控制台: init3或者直接注销 。
4、如何查看ip地址：ifconfig 。
5、配置ip:ifconfig eth0 ip地址 。
6、重启：reboot 或者 shutdown -r now 。
7、普通用户切换到系统用户:su 。
8、注销用户指令：logout 。
linux的学习技巧：
【生信常用的linux命令 生信 linux】如果你想系统的学习Linux，你必需清楚的认识到这一点 。如果你真正想系统的学习linux，想用Linux有所作为，那么请忘记Windows的思维方式，思想性的转变比暂时性的技术提高更有用，而思想上的改变往往是受到我们行动所影响的，有不懂的问题就自己思考，查资料，实在不会再去找别人的电脑去查，这样就加深了我每次对问题的理解，慢慢感受和习惯Linux的操作方式 。
linux常用命令及用法linux常用命令及用法如下：
pwd 显示工作路径
shutdown -h now 关闭系统/halt 关闭系统
shutdown -r now 重启 / reboot 重启
systemctl stop firewalld关闭防火墙
ip addr查看ip地址
1、cd命令：这是一个非常基本，也是大家经常需要使用的命令，它用于切换当前目录，它的参数是要切换到的目录的路径，可以是绝对路径，也可以是相对路径 。如：
cd /home进入根目录下面的home目录
cd home进入当前目录下的home目录
cd ..返回上一层目录
cd ../..返回上两级目录
cd /　返回跟目录
cd - 返回上次所在的目录
2、ls命令：这是一个非常有用的查看文件与目录的命令，list之意，它的参数非常多 ， 下面就列出一些我常用的参数吧，如下：
ls查看目录中的文件
ls -a列出全部的文件，连同隐藏文件（开头为.的文件）一起列出来
ls -l显示文件和目录的详细资料
3、mkdir命令：创建
mkdir dir1 创建一个叫做 'dir1' 的目录'
mkdir dir1 dir2 同时创建两个目录
4、rm命令：删除
rm -f file1 删除一个叫做 'file1' 的文件'
rmdir dir1 删除一个叫做 'dir1' 的目录' （空目录才能删除）
rm -rf dir1 删除一个叫做 'dir1' 的目录并同时删除其内容
rm -rf dir1 dir2 同时删除两个目录及它们的内容
5、mv命令：该命令用于移动文件、目录或更名，move之意，它的常用参数如下：-f 如果目标文件已经存在，不会询问而直接覆盖
mv file1 file2把文件file1重命名为file2
mv file1 file2 dir把文件file1、file2移动到目录dir中
6、cp命令：该命令用于复制文件，copy之意 ， 它还可以把多个文件一次性地复制到一个目录下， 它的常用参数如下：
cp-a file1 file2连同文件的所有特性把文件file1复制成文件file2
cp dir/* .复制一个目录下的所有文件到当前工作目录
cp -a /tmp/dir1 .复制一个目录到当前工作目录
cp -a dir1 dir2复制一个目录
7、find命令：find是一个基于查找的功能非常强大的命令
find / -name file1 从 '/' 开始进入根文件系统搜索文件和目录
find / -user user1 搜索属于用户 'user1' 的文件和目录
find /home/user1 -name \*.bin 在目录 '/ home/user1' 中搜索带有'.bin' 结尾的文件
find /usr/bin -type f -atime100 搜索在过去100天内未被使用过的执行文件
find /usr/bin -type f -mtime -10 搜索在10天内被创建或者修改过的文件
Linux文本操作常用命令在Linux系统里常用于文本查看、操作、统计的命令：
通过多敲键盘，形成手感 肌肉记忆 ， 熟练掌握这些命令，在以后生信分析中游刃有余 。以下是每个命令的详细的介绍（主要是跟着 生信技能树小郭老师 学习做的笔记）
接下来通过示例把10个命令的常用参数和用法展示出来：
参数的用法介绍：
注意事项：
用 cat 命令可以 查看文本，也可以 编辑文本，编辑文本要加符号，退出时，另起一行，按 control C 退出
zcat可以查看压缩的文本文件 ， tac逆向查看
结合管道符|使用
head / tail-n:查看文件的前 / 后 n 行，默认10行 （在R语言里head和tail默认是前6行） 。
less命令用得最多，more命令用得比较少
3.1less命令
less[参数]文件名
less命令重要的补充用法1 ：
需要注意 退出 ：只要使用less命令，按q键
less命令重要的补充用法2 ：
参数用法：
less命令 不加参数 查看文件：
less命令加 -N参数 查看文件：显示行号
less命令加 -S参数 查看文件：单行显示，非常规整
对比：less和cat命令显示文本行号的用法：less -N，cat -n
3.2more命令
**more **逐页查看，按空格翻页，按回车换行 ， more命令一般很少用，熟练掌握less命令就好
查看压缩文件
wc 统计字符是也把换行符统计进去，但是别的命令不一定会把换行符算进去， 。
常见参数:
切记：用less命令，按q退出
cut命令是按关键词来切的
常见参数:
排列前：
排列后：
解释：1和0比，1大；7和0比，7大…在sort字典排序里，100816比1737?。?00816排在前面 。
命令行查看一个表格结构时，因为制表符对齐的原因 ， 出现一个错位的现象 。还有 字典排序 可能和我们平时的认知不一样，所以 加上-n参数 ，让数值有数学意义上的大小来排序。
uniq命令去重，只有两行出现重复，而且是相邻的两行 ， 如果不相邻，即使出现两行一模一样，不会去重 。
uniq命令通常和sort命令搭配使用
换其它文件试试
总之，uniq命令使用时经常和sort一起
常见参数:
常见用法1：
pastefile1 file2
-s:按行合并 演示
常见用法2:paste--
常见参数:
要养成一个好习惯，原始数据不要轻易修改，修改的东西另外保存，文本保存用 (重定向)或是(追加)
1.用less查看example.gtf，然后管道符传递给wc
2.截取example.gtf第9列的内容
3.在第2步的基础上截取分号分割的第1列
4.在第3步的基础上排序、去重复并统计
5.在第4步的基础上，将空格替换成制表符
补充小知识 ：
清屏 ：controlL
查看历史（输入过的）命令 ：history
??我的生信入门day2 bio-linux简单操作仅供自己记录复习 ， 并不严谨 。
主要是学习了bio-linux最基本的一些操作 。
1.linux命令组成 。命令?选项?参数 。
2.创建共享文件 。windows和bio-linux的共享文件 。
3.访问路径：pwd
访问下一级：ll 空格 文件名
访问本级：ll
访问上一级：ll 空格 ..
进入下一级：cd 空格 文件名或目录名
进入上一级：cd 空格 ..
注意：访问只是弹出该目录下有的所有文件和目录 。进入是进入到下一级中的文件或者目录 。
4.显示文件lsls -als-l[文件长格式显示]
5.创建目录和文件 。mkdir 空格 目录名 ；touch 空格 文件名
6.复制cp、移动mv、删除rm文件 。不能操作目录 。操作目录：mv -r 、cp -r、rm -r空格 目录名，删除只能删除本操作目录下的文件 。
7.查看文件内容: cat 空格 文件名 。所以不能对目录cat，可以ll 注意：ll是访问 ， 是文件的一些基本信息 。目录：cd 空格 目录名 。
8.修改文件：vi 空格 文件名 按下i显示insert就可以编辑修改了 。编辑修改完以后按下Esc后，打冒号： 然后wq保存，退出 。q!是退出不保存，按d删除内容 。
关于生信常用的linux命令和生信 linux的介绍到此就结束了 ， 不知道你从中找到你需要的信息了吗 ？如果你还想了解更多这方面的信息，记得收藏关注本站 。

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