锐客网

  1. 首页 > 睿知 > it技术 > >

酵母go分析r语言，酵母表达系统应用

IT技术clsTest

R语言:clusterProfiler进行GO富集分析和Gene_ID转换)检查结果，可见geneID展示为gene symbol 。（1）在enrichGO函数中，设置readable = TRUE；(2)用setReadable函数，对GO或者KEGG结果进行转化即可 。
对于没有转换的gene ID ， clusterProfiler也提供了 bitr 方法进行转换ID：可以看到，这里转换ID的对应文件来源于org.Hs.eg.db这个包 。
最近有粉丝反映说，利用clusterProfiler这个包绘制GO富集分析气泡图和柱形图的时候，发现GO条目的名字都重叠在一起了 。气泡图 柱形图 这个图别说美观了 ， 简直不忍直视 。经过我的认真研究，发现跟R版本有关 。
这样做能避免得出的结论不全面，对于事先没有预想的term或者是事先预想的term不全面这些情况有帮助 。
你可以直接导入基因号和GO/KEGG编号的对应关系到R里面 ， 然后用clusterProfiler进行数据分析”。在如何构建的问题上，网上也有许多文章进行了介绍 。构建 OrgDb 时 ， 需要 gene_info 和 gene2go。
基因或蛋白表达谱的时间动力学聚类分析(R包Mfuzz)1、当然，对不同时间动力学特征基因的功能分析属于后话了，第一步首先应思考怎样识别基因表达谱的时间动力学特征 。为此，R包Mfuzz提供了出色的方法，它的核心算法是 模糊c均值聚类分析，用于识别相似的基因表达谱 。
2、mfuzz能够识别表达谱的潜在时间序列模式，并将相似模式的基因聚类，以帮助我们了解基因的动态模式和它们功能的联系 。Mfuzz的核心算法是模糊c均值聚类分析，用于识别相似的基因表达谱 。
3、软聚类应该是一个非常好的方法 ， 因为其可以利用membership衡量一个基因 i跟cluster j的关系 。软聚类的mfuzz函数基于的是e1071包的fuzzy c-means算法 。对于软过滤而言 ， 聚类中心点 来源于所有聚类成员的权重值 。
R语言安装WGCNA,碰到依赖包无法安装的情况1、安装了WGCNA是在Rstuio上安装的 。用命令install.packages(WGCNA)执行完命令后，提示信息显示有三个依赖包（‘impute’，‘preprocessCore’ ， ‘GO.db’）无法安装 。然后再安装那三个依赖包 。
2、第一步：先去找个别人的帖子，把各种主流的包都安装一遍 。因为依赖包是相互重复的 ， 就好像你要认识一个远房亲戚 ， 你得把其他亲戚都认识一遍 。第二步：安装自己要的包 。
3、如果您遇到了解析包出错无法安装的问题，可以尝试以下方法解决： 清除缓存：使用命令`sudo apt-get clean`清除本地缓存，然后再尝试安装 。更新源：使用命令`sudo apt-get update`更新软件源，然后再尝试安装 。
【酵母go分析r语言，酵母表达系统应用】酵母go分析r语言的介绍就聊到这里吧，感谢你花时间阅读本站内容 ， 更多关于酵母表达系统应用、酵母go分析r语言的信息别忘了在本站进行查找喔 。

    推荐阅读


    上一篇：如何搭建音频流媒体服务器？ 怎么架设音频流服务器

    下一篇：javaee代码格式化 java 代码格式化