mcapply(所有计划的核心在用户代码中遇到错误)

知识的领域是无限的,我们的学习也是无限期的。这篇文章主要讲述mcapply:所有计划的核心在用户代码中遇到错误相关的知识,希望能为你提供帮助。
以下是我的代码。我正在尝试获取以.idat结尾的所有文件(~20000)的列表,并使用函数illuminaio::readIDAT读取每个文件。

library(illuminaio) library(parallel) library(data.table)# number of cores to use ncores = 8# this gets all the files with .idat extension ~20000 files files < - list.files(path = './', pattern = "*.idat", full.names = TRUE)# function to read the idat file and create a data.table of filename, and two more columns # write out as csv using fwrite get.chiptype < - function(x) { idat < - readIDAT(x) res < - data.table(filename = x, nSNPs = nrow(idat$Quants), Chip = idat$ChipType) fwrite(res, file.path = 'output.csv', append = TRUE) }# using mclapply call the function get.chiptype on all 20000 files. # use 8 cores at a time mclapply(files, FUN = function(x) get.chiptype(x), mc.cores = ncores)

在阅读和写入有关1200个文件的信息后,我收到以下消息:
Warning message: In mclapply(files, FUN = function(x) get.chiptype(x), mc.cores = ncores) : all scheduled cores encountered errors in user code

【mcapply(所有计划的核心在用户代码中遇到错误)】我该如何解决?
答案在某些情况下调用mclapply()需要您指定一个允许多个随机数流的随机数生成器。 R版本2.14.0实现了Pierre L'Ecuyer的多个伪随机数生成器。
尝试在mclapply()调用之前添加以下内容,并为'my.seed'预先指定值:
set.seed( my.seed, kind = "L'Ecuyer-CMRG" );


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