知识的领域是无限的,我们的学习也是无限期的。这篇文章主要讲述mcapply:所有计划的核心在用户代码中遇到错误相关的知识,希望能为你提供帮助。
以下是我的代码。我正在尝试获取以.idat
结尾的所有文件(~20000)的列表,并使用函数illuminaio::readIDAT
读取每个文件。
library(illuminaio)
library(parallel)
library(data.table)# number of cores to use
ncores = 8# this gets all the files with .idat extension ~20000 files
files <
- list.files(path = './',
pattern = "*.idat",
full.names = TRUE)# function to read the idat file and create a data.table of filename, and two more columns
# write out as csv using fwrite
get.chiptype <
- function(x)
{
idat <
- readIDAT(x)
res <
- data.table(filename = x, nSNPs = nrow(idat$Quants), Chip = idat$ChipType)
fwrite(res, file.path = 'output.csv', append = TRUE)
}# using mclapply call the function get.chiptype on all 20000 files.
# use 8 cores at a time
mclapply(files, FUN = function(x) get.chiptype(x), mc.cores = ncores)
在阅读和写入有关1200个文件的信息后,我收到以下消息:
Warning message:
In mclapply(files, FUN = function(x) get.chiptype(x), mc.cores = ncores) :
all scheduled cores encountered errors in user code
【mcapply(所有计划的核心在用户代码中遇到错误)】我该如何解决?
答案在某些情况下调用
mclapply()
需要您指定一个允许多个随机数流的随机数生成器。 R版本2.14.0实现了Pierre L'Ecuyer的多个伪随机数生成器。尝试在
mclapply()
调用之前添加以下内容,并为'my.seed
'预先指定值:set.seed( my.seed, kind = "L'Ecuyer-CMRG" );
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