学习小组Day3笔记--徐沫沫
滴滴滴~~~第三天打卡 ( ̄︶ ̄) 今天的主要内容是学会在linux环境下安装软件 准备工作
- 检查有没有bzip2软件
输入bzip2,查看有无此软件,没有的话安装一个。
- 下载
- 浏览器搜索“miniconda”网站,复制python3.6对应的版本下载链接;
- 代码输入 wget 和链接,回车下载:
wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh - 下载完成后安装: bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh ,按提示操作,有需要的地方输入yes;
- 激活conda:source ~/.bashrc
- 测试是否安装成功:输入conda会出现参数等信息,说明成功;
- 添加国内镜像
复制粘贴输入以下代码
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes - 使用conda
- 查看当前所有软件列表,命令: conda list
- 搜索软件命令: conda search 软件名
例fastqc : conda search fastqc - 安装软件,命令: conda install fastqc -y
参数 -y 是自动安装
可安装指定版本,默认安装最新版本 - 卸载软件,命令: conda remove fastqc -y
- conda环境
- 查看当前conda有哪些环境,命令:conda info --envs
前面带*的就是默认的
文章图片
image.png - 新建立conda环境,然后指定python版本是3:
conda create -n rna-seq python=3
- 激活新的conda环境:
source activate rna-seq
这时默认的*就会转移到rna-seq前面,用户名root前面出现了(rna-seq);
- 安装软件fastqc、trimmomatic,可以和建立环境一起进行:
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
- 卸载某环境中的软件
conda remove -n rna-seq fastqc -y
- 卸载环境(全部卸载)
conda remove -n rna-seq --all
- 【学习小组Day3笔记--徐沫沫】退出当前环境
source deactivate
注意啦:卸载环境的时候,需要先退出当前环境!
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