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学习小组Day3笔记--徐沫沫

滴滴滴~~~第三天打卡 (￣︶￣) 今天的主要内容是学会在linux环境下安装软件 准备工作

  • 检查有没有bzip2软件
    输入bzip2，查看有无此软件，没有的话安装一个。
软件管理Miniconda 相当于App store
  • 下载
  1. 浏览器搜索“miniconda”网站，复制python3.6对应的版本下载链接；
  2. 代码输入 wget 和链接，回车下载：
    wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
  3. 下载完成后安装： bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh ，按提示操作，有需要的地方输入yes；
  4. 激活conda：source ~/.bashrc
  5. 测试是否安装成功：输入conda会出现参数等信息，说明成功；
  • 添加国内镜像
    复制粘贴输入以下代码
    conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free
    conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
    conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
    conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
    conda config --set show_channel_urls yes
  • 使用conda
  1. 查看当前所有软件列表，命令： conda list
  2. 搜索软件命令： conda search 软件名
    例fastqc ： conda search fastqc
  3. 安装软件，命令： conda install fastqc -y
    参数 -y 是自动安装
    可安装指定版本，默认安装最新版本
  4. 卸载软件，命令： conda remove fastqc -y
  • conda环境
  1. 查看当前conda有哪些环境，命令：conda info --envs
    前面带*的就是默认的

    学习小组Day3笔记--徐沫沫
    文章图片
    image.png
  2. 新建立conda环境，然后指定python版本是3：
    conda create -n rna-seq python=3
  3. 激活新的conda环境：
    source activate rna-seq
    这时默认的*就会转移到rna-seq前面，用户名root前面出现了(rna-seq)；
  4. 安装软件fastqc、trimmomatic，可以和建立环境一起进行：
    conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
  5. 卸载某环境中的软件
    conda remove -n rna-seq fastqc -y
  6. 卸载环境（全部卸载）
    conda remove -n rna-seq --all
  7. 【学习小组Day3笔记--徐沫沫】退出当前环境
    source deactivate
    注意啦：卸载环境的时候，需要先退出当前环境！
明天见~~~~

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