发票存根联保存期限为五年 。根据《中华人民共和国发票管理办法》第三十条规定，开具发票的单位和个人应当按照税务机关的规定存放和保管发票，不得擅自损毁 。已经开具的发票存根联和发票登记簿，应当保存五年 。保存期满，报经税务机关查验后销毁 。
存根联的作用
存根联是一种票据凭证，属于原始凭证（自己记账凭证），与发票联、抵扣联、记账联组合成为四联发票 。在用途上，存根联一般是指已开具的发票用来存档的，发票联是给对方用来做账的，抵扣联是给对方用来抵扣进项税额的，记账联是自己开完发票后用来记账的 。存根联放入记帐凭证里，按规定是不应该另外保存，应由单独保管备查 。
企业发票存根联如何处理
根据《国务院关于修改〈中华人民共和国发票管理办法〉的决定》(国务院令第587号)第二十九条的规定，开具发票的单位和个人应当按照税务机关的规定存放和保管发票，不得擅自销毁.已经开具的发票存根联和发票登记簿，应当保存5年.保存期满，报经税务机关查验后销毁.发票的基本联次为三联.第一联为存根联，开票单位留存备查(下次领购发票时需验旧)；第二联为发票联，收执方作为付款或收款原始凭证；第三联为记帐联，开票方作为记帐原始凭证 。
税务部门提醒，纳税人遇到上述情况时，除了对正在开据的发票应按规定保管外，对所用完的发票也仍应按税法规定的期限保管，尤其是涉及销毁发票存根时应主动向税务部门报告，否则极有可能对自己造成不必要的麻烦 。
因此，该公司应将前5年开具的发票存根联单独存放，并查清发票的种类、数量，然后向主管税务机关请示销毁，待税务机关查验后再统一销毁 。
法律依据
《中华人民共和国发票管理办法》第三十条 开具发票的单位和个人应当按照税务机关的规定存放和保管发票，不得擅自损毁 。已经开具的发票存根联和发票登记簿，应当保存五年 。保存期满，报经税务机关查验后销毁 。
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